중간지주회사에 대하여 조세조약의 혜택이 부여될 것인지와 관련하여 (1) 조세조약상 수익적 소유자, (2) 국세기본법 제14조의 실질과세원칙, (3) BEPS 다자조약 제7조 제1항 및 OECD 모델조약에 따른 주요목적기준의 적용이 문제된다. 수익적 소유자의 개념에 관하여는 여러 가지 견해의 대립이 있었지만, 2014년 개정된 OECD 모델조약의 주석은 사법적(私法的) 관점을 토대로 수익적 소유자를 ‘배당의 수취인이 그 수취한 금액을 다른 사람에게 이전할 법적 또는 계약상 의무에 의하여 제한되지 않고, 그 배당을 사용할 수 있는 자’로 정하였다. 대법원도 이를 반영하여 거의 같은 취지로 판단하였다. 중간지주회사가 자회사로부터 받은 배당을 모회사에게 다시 배당하여 사실상 도관의 기능을 하는 경우, 그 배당을 모회사에 이전할 법적 의무가 있는 경우와 동일하게 평가할 여지가 있다. 그러나 대법원은 위와 같은 사안에서 중간지주회사를 배당의 수익적 소유자로 인정하였다. 국세기본법 제14조에 따른 실질과세원칙이 적용되기 위해서는, 명의와 실질의 괴리가 존재하고, 그것이 조세회피목적에서 비롯된 것이어야 한다. 문제된 거래에 조세회피목적과 사업목적이 모두 있는 경우, 실질과세원칙이 적용되기 위해서는 조세회피목적이 그 거래의 주된 목적이어야 한다. 실질과세원칙은 제한적이지만 경제적 실질을 토대로 한 것이므로, 명의와 실질의 괴리는 주로 중간지주회사가 자회사로부터 받은 배당을 언제, 어떻게 처분하였는지를 고려하여 판단되어야 한다. 중간지주회사가 자회사로부터 받은 배당을 모회사에게 다시 배당하여 사실상 도관의 기능을 한 경우, 인적·물적 시설을 갖추고 별도의 사업을 하는지 여부와 관계없이, 원칙적으로 명의와 실질의 괴리가 인정되어야 한다. 실질과세원칙의 객관적 요건과 주관적 요건은 상관적으로 고려될 수 있다. 조세회피목적이 분명하고 별다른 사업목적이 없는 경우에는, 명의와 실질의 괴리를 인정하는 기초가 되는 사정이 일반적인 경우에 비하여 다소 부족하더라도 명의와 실질의 괴리가 인정될 수 있다. 반대로 중간지주회사가 사실상 도관의 기능을 함으로써 명의와 실질의 괴리가 있는 경우, 사업목적에 대한 더 엄격한 심사가 이루어져야 하고, 사업목적이 인정되기 위해서는 원칙적으로 그 중간지주회사의 자회사 주식 보유가 사업상 효율을 증가시키는 것이어야 할 것이다. 실질과세원칙의 요건인 조세회피목적이 거래의 주된 목적이어야 한다고 보는 경우, 주요목적기준에 따른 판단기준은 실질과세원칙의 그것과 거의 같게 될 가능성이 있다. 다만, 실질과세원칙과 주요목적기준은 사업목적의 존재 여부에 대한 입증책임을 과세관청과 납세의무자 중 누가 부담하는지에 관하여 입장을 달리하므로, 소송상 다른 결과를 가져올 수도 있다. 한편, 「국제조세조정에 관한 법률」 제3조 제4항에 의하면, 우회거래를 통하여 우리나라에서의 조세부담이 일정한 비율 이상 감소한 경우 납세의무자는 사업목적의 입증책임을 부담한다. 이에 따라 위 규정은 소송실무상 주요목적기준과 거의 같거나 유사한 효과를 가져올 수 있다.
Regarding whether the benefits of the tax treaty will be granted to intermediate holding companies, the application of (1) the beneficial owner of the tax treaty, (2) the substative taxation principle of Article 14 of the Fundamental Act on National Taxes, (3) principal purpose test of Article 7 (1) of the BEPS Multilateral Treaty, and the OECD Model Tax Convention are in question. There have been conflicting views on the concept of beneficial owner, but based on the legal point of view of the 2014 revised OECD Model Tax Convention, the Commentaries of that OECD Model Tax Convention defined beneficial owner as "a recipient of a dividend who has the right to use the dividend unconstrained by legal or contractual obligation to pass on the payment received to another person." The Supreme Court also reflected this and judged to have almost the same effect. If an intermediate holding company actually functions as a conduit by redistributing dividends received from subsidiaries to the parent company, there is room for evaluating that dividends in the same way as when there is a legal obligation to transfer them to the parent company. However, in the above cases, the Supreme Court recognized the intermediate holding company as the beneficial owner of the dividend. In order for the principle of substantive taxation under Article 14 of the Fundamental Act on National Taxes to be applied, there shoul be a discrepancy between the title and the substance, and it must be derived from the purpose of tax avoidance. Since the principle of substantive taxation is, though limited, based on economic substance, the discrepancy between the title and the substance should be judged mainly in consideration of when and how the intermediate holding company disposed of dividends received from subsidiaries. If the intermediate holding company functions as an actual conduit by redistributing dividends received from subsidiaries to the parent company, the discrepancy between the title and the substance shall be generally recognized regardless of whether it has human and material facilities and conducts separate business. The objective and subjective requirements of the principle of substantive taxation could be considered correlatively. If the purpose of tax avoidance is clear and there is no business purpose, the discrepancy between the title and the substance may be recognized even if the facts and circumstances supporting that discrepancy is somewhat insufficient compared to the general case. Conversely, if there is a discrepancy between the title and the substance by intermediate holding company’s functioning as an actual conduit, a stricter examination of the business purpose must be conducted, and for the business purpose to be recognized, in principle, the holding of shares of the subsidiary by the intermediate holding company must increase business efficiency. If it is considered that the purpose of tax avoidance, which is a requirement of the principle of substantive taxation, should be the main purpose of the transaction, the criteria for judgment according to the principal purpose test may be almost the same or similar as that of the principle of substantive taxation. However, the principle of substantive taxation and the principal purpose test may lead to different results in litigation as they differ in who bears the burden of proof over the existence of the business purpose between the tax office and the taxpayer. On the other hand, according to Article 3 (4) of the International Tax Adjustment Act, if the tax burden in Korea decreases by a certain percentage or more through circumventing transactions, the taxpayer takes the burden of proof for the business purpose. Accordingly, the above regulation may have almost the same or similar effect as the principal purpose test in litigation practice.