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자료유형
학술저널
저자정보
Kim Yooeun (Seoul National University) Ha Hongseok (Seoul National University Medical Research Center) Kim Kwangsoo (College of Medicine, Seoul National University)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes and Genomics Vol.46 No.9
발행연도
2024.9
수록면
1,085 - 1,095 (11page)
DOI
10.1007/s13258-024-01549-z

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Background This study is based on deep mining of Ribo-seq data for the identification of lncRNAs that have highly expressed sORFs in HCC. In this paper, dynamic prospects associated with sORFs acting as newly defined tumor-specific epitopes are discussed with possible improvement in strategies for tumor immunotherapy. Objective Using ribosome profiling to identify and characterize sORFs within lncRNAs in HCC, identify potential therapeutic targets and tumor-specific epitopes applicable for immunotherapy. Methods MetamORF performed the identification of sORFs with deep analysis of the data of ribosome profiling in lncRNAs associated with HCC. The translation efficiency in these molecules was estimated, and epitope prediction was done by pVACbind. Peptide search was done to check the presence of micropeptides translated from these identified sORFs. validated translational activity and identified potential epitopes. Results Higher translation efficiency was noted in the case of lncRNAs associated with HCC compared to normal tissues. Of particular note is ORF3418981, which results in the highest expression and has supporting experimental evidence at the protein level. Epitope prediction identified a putative epitope at the C-terminus of ORF3418981. Conclusions This study uncovers the as-yet-unknown potential of lncRNA-derived sORFs as sources of tumor antigens, shifting the research focus from protein-coding genes to non-coding RNAs also in the HCC context. Moreover, this study highlights the contribution of a subset of lncRNAs, especially LINC00152, to the development of tumors and modulation of the immune response by its sORFs.

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