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Sejoon Lee (Seoul National University Bundang Hospital) Kil-yong Lee (The Catholic University of Korea) Ji-Hwan Park (Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology) Duck-Woo Kim (Seoul National University College of Medicine) Heung-Kwon Oh (Seoul National University College of Medicine) Seong-Taek Oh (The Catholic University of Korea) Jongbum Jeon (Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology) Dongyoon Lee (Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology) Soobok Joe (Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology) Hoang Bao Khanh Chu (Yonsei University) Jisun Kang (Yonsei University) Jin-Young Lee (Yonsei University) Sheehyun Cho (Yonsei University) Hyeran Shim (Yonsei University) Si-Cho Kim (Yonsei University) Hong Seok Lee (Yonsei University) Young-Joon Kim (Yonsei University) Jin Ok Yang (Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology) Jaeim Lee (The Catholic University of Korea) Sung-Bum Kang (Seoul National University College of Medicine)
저널정보
대한생화학·분자생물학회 BMB Reports BMB Reports Vol.57 No.3
발행연도
2024.3
수록면
161 - 166 (6page)
DOI
https://doi.org/10.5483/BMBRep.2023-0103

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Aberrant DNA methylation plays a critical role in the developmentand progression of colorectal cancer (CRC), which hashigh incidence and mortality rates in Korea. Various CRC-associatedmethylation markers for cancer diagnosis and prognosishave been developed; however, they have not been validatedfor Korean patients owing to the lack of comprehensive clinicaland methylome data. Here, we obtained reliable methylationprofiles for 228 tumor, 103 adjacent normal, and two unmatchednormal colon tissues from Korean patients with CRCusing an Illumina Infinium EPIC array; the data were correctedfor biological and experiment biases. A comparative methylomeanalysis confirmed the previous findings that hypermethylatedpositions in the tumor were highly enriched in CpG island andpromoter, 5’ untranslated, and first exon regions. However,hypomethylated positions were enriched in the open-sea regionsconsiderably distant from CpG islands. After applying a CpGisland methylator phenotype (CIMP) to the methylome data oftumor samples to stratify the CRC patients, we consolidatedthe previously established clinicopathological findings that thetumors with high CIMP signatures were significantly enrichedin the right colon. The results showed a higher prevalence ofmicrosatellite instability status and MLH1 methylation in tumorswith high CMP signatures than in those with low or non-CIMPsignatures. Therefore, our methylome analysis and dataset provideinsights into applying CRC-associated methylation markersfor Korean patients regarding cancer diagnosis and prognosis.
#Colorectal cancer #CpG island methylator phenotype #DNA methylation #Microsatellite instability #MutL homolog 1 (MLH1)

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