허가 등으로 특허권을 행사할 수 없는 특허기간의 침식을 회복하기 위한 존속기간 연장제도는 신약 연구개발의욕을 고취시키기 위한 제도이다. 그런데 연장처분은 원래의 존속기간이 만료되기 전에 확정되는 것이 원칙적인 모습일 것이나, 특허권자 내지 행정기관의 사정으로 허가절차 또는 연장절차가 지연되어 존속기간이 만료될 때까지도 연장처분이 확정되지 않는 경우에는 특허성에 대한 심사가 완결된 원래의 특허권과 달리 연장 여부에 불확실성이 있어 불완전한 법률관계가 전개될 수밖에 없다. 구 연장신청제도는 추상적인 2개의 조항만을 두고 있을 뿐 위와 같은 경우를 대비하여 행정법상 확인행위에 해당하는 연장처분에 따른 법적 효과를 규율하는 법률규정을 두고 있지 않아 ‘연장할 수 있다’는 법문에 대한 해석론에 따라 법률관계를 확정할 수밖에 없다. 이때 특허권의 효력을 소급하여 인정할지 여부에 대해서는 소급효설과 잔여기간설을 상정할 수 있을 것인데, 1987년 특허법의 입법취지, 연장신청 공시제도의 미비 등을 고려할 때 잔여기간설이 보다 합리적이라고 보이나, 다만 우리 대법원의 태도는 소급효설을 취한 것으로 볼 여지도 있다. 소급효를 인정할 경우 제3자의 특허발명 실시행위에 대해서는 특허침해죄의 형사책임이나 금지청구는 인정되지 않으나, 계약상 유리한 지위를 유지할 수 있고 로열티 상당의 부당이득반환을 구할 수 있어 최소한의 권리실효성이 보장된다. 나아가 민법상 불법행위책임의 위법성과 과실에 대한 법리를 적용해 볼 때, 제3자가 연장불승인이 될 때를 대비하여 즉시 판매하기 위하여 특허발명을 ‘수입’하거나 ‘생산’하더라도 시장에 나오지 않는다면 특허권자에게 직접적으로 손해를 끼치는 것은 아니라고 할 것이므로 이와 같은 실시행위는 원칙적으로 위법성이 인정되지 않고, 반면 사용, 양도, 대여 등으로 특허권으로 기대되는 경제적 이익을 직접 침해한 경우에는 위법성이 인정된다고 보며, 나아가 제3자의 과실에 대한 증명책임은 특허권자가 부담하도록 하는 것이 합리적이라고 보인다. 현행 연장등록출원제도에 있어서는 구 연장신청제도에서와 같은 불확실한 법률관계를 방지하기 위하여 연장간주규정을 두고 있으나, 미국과 달리 우리는 특허침해죄의 형사처벌까지 하고 있어 연장등록거절결정이 확정되더라도 특허권자는 연장등록거절결정이 확정될 때까지 사실상 독점적 지위를 누리게 되는 부당한 결과를 낳는다. 따라서 현재의 연장간주규정을 소급효규정으로 개선하는 입법개정이 필요하고, 이때 불법행위책임을 법문상 명확히 하기 위하여 출원보상금청구권제도를 참조하여 법규정을 신설하는 것도 가능하다고 보인다.
The patent term extension system, which aims to restore the erosion of the patent term due to factors such as permits of administrative agencies, is a system aimed at stimulating the desire for new drug research and development. While the extension decision is generally supposed to be confirmed before the original term expires, in cases where the permit or extension process is delayed due to circumstances of the patent holder or administrative agency, the extension decision may not be confirmed until the expiration of the term. Unlike the original patent right for which the examination of patentability has been completed, there is uncertainty regarding the extension, leading to an incomplete legal relationship. The previous system for a patent term extension of the 1987 Patent Act only has two abstract provisions and there are no legal regulations governing the legal effects for such cases, so there is no choice but to interpret the phrase "can make a decision for term extension" of the provision. In this case, regarding whether to recognize the effect of the patent right during the extended term, the retroactive effect theory and the remaining term theory can be considered. Considering the legislative intent of the 1987 Patent Act and the absence of the extension application disclosure system, the remaining term theory seems more rational. However, there is also a possibility that Supreme Court of Korea has taken the retroactive effect theory. In case that we would adopt the retroactive effect theory, third parties may not be subject to criminal punishment or injunction for patent infringement, but the patent holder may maintain a favorable position under contracts and can seek restitution of royalties against third parties, ensuring rights effectiveness at least. Furthermore, when applying the principles of illegality and negligence under torts law, it seems reasonable to regard an execution of import or product as legal because such executions don"t do damage to an economic interest of the patent holder directly, and to give the burden of proving negligence of a third party to the patent holder. In the current system of a patent term extension, to prevent uncertain legal relationships as in the previous system, an extension regard provision is provided. However, unlike in the United States, we also have criminal punishment for patent infringement, so even if the extension refusal decision after the expiration of the original patent term is confirmed, the patent holder effectively enjoys a monopolistic position until the extension refusal decision is confirmed. Therefore, legislative amendments are needed to improve the current extension regard provisions with retroactive effect provisions, and it seems possible to establish legal provisions by referring to the application reward claim system to clearly define the right of the patent holder.