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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
저널정보
대한진단검사의학회 Annals of Laboratory Medicine Annals of Laboratory Medicine 제36권 제5호
발행연도
2016.1
수록면
457 - 462 (6page)

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Background: Real-time reverse transcription PCR (rRT-PCR) of sputum samples is commonly used to diagnose Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) infection. Owing to the difficulty of extracting RNA from sputum containing mucus, sputum homogenization is desirable prior to nucleic acid isolation. We determined optimal homogenization methods for isolating viral nucleic acids from sputum. Methods: We evaluated the following three sputum-homogenization methods: proteinase K and DNase I (PK-DNase) treatment, phosphate-buffered saline (PBS) treatment, and N-acetyl-L-cysteine and sodium citrate (NALC) treatment. Sputum samples were spiked with inactivated MERS-CoV culture isolates. RNA was extracted from pretreated, spiked samples using the easyMAG system (bioMérieux, France). Extracted RNAs were then subjected to rRT-PCR for MERS-CoV diagnosis (DiaPlex Q MERS-coronavirus, SolGent, Korea). Results: While analyzing 15 spiked sputum samples prepared in technical duplicate, false-negative results were obtained with five (16.7%) and four samples (13.3%), respectively, by using the PBS and NALC methods. The range of threshold cycle (Ct) values observed when detecting upE in sputum samples was 31.1-35.4 with the PK-DNase method, 34.7-39.0 with the PBS method, and 33.9-38.6 with the NALC method. Compared with the control, which were prepared by adding a one-tenth volume of 1:1,000 diluted viral culture to PBS solution, the ranges of Ct values obtained by the PBS and NALC methods differed significantly from the mean control Ct of 33.2 (both P<0.0001). Conclusions: The PK-DNase method is suitable for homogenizing sputum samples prior to RNA extraction.
#MERS coronavirus #Sputum #Homogenization #Nucleic acid extraction #Comparison #Proteinase K #DNase

목차

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Lee JH / 2015 / An appropriate lower respiratory tract sample is essential for diagnosis of Middle East Respiratory Syndrome (MERS) / J Korean Med Sci 30:1207~1208 google schola Centers for Disease Control and Prevention / Interim guidelines for collecting, handling, and testing clinical specimens from patients under investigation (PUIs) for Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV)-Version 2.1 google schola Centers for Disease Control and Prevention / Middle East Respiratory Syndrome (MERS) google schola Wilson D / 2004 / Comparison of five methods for extraction of Legionella pneumophila from respiratory specimens / J Clin Microbiol 42:5913~5916 google schola Guery B / 2013 / Clinical features and viral diagnosis of two cases of infection with Middle East Respiratory Syndrome coronavirus: a report of nosocomial transmission / Lancet 381:2265~2272 google schola

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