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자료유형
학술저널
저자정보
Hyunjin Yoo (Seoul National University) Kyunghyuk Park (Seoul National University) Lee Jaehoon (Seoul National University) Lee Seunga (Seoul National University) Yeonhee Choi (Seoul National University)
저널정보
한국분자세포생물학회 Molecules and Cells Molecules and Cells 제44권 제8호
발행연도
2021.8
수록면
602 - 612 (11page)
DOI
10.14348/molcells.2021.0084

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DNA methylation is an important epigenetic mechanism affecting genome structure, gene regulation, and the silencing of transposable elements. Cell- and tissuespecific methylation patterns are critical for differentiation and development in eukaryotes. Dynamic spatiotemporal methylation data in these cells or tissues is, therefore, of great interest. However, the construction of bisulfite sequencing libraries can be challenging if the starting material is limited or the genome size is small, such as in Arabidopsis. Here, we describe detailed methods for the purification of Arabidopsis embryos at all stages, and the construction of comprehensive bisulfite libraries from small quantities of input. We constructed bisulfite libraries by releasing embryos from intact seeds, using a different approach for each developmental stage, and manually picking single-embryo with microcapillaries. From these libraries, reliable Arabidopsis methylome data were collected allowing, on average, 11- fold coverage of the genome using as few as five globular, heart, and torpedo embryos as raw input material without the need for DNA purification step. On the other hand, purified DNA from as few as eight bending torpedo embryos or a single mature embryo is sufficient for library construction when RNase A is treated before DNA extraction. This method can be broadly applied to cells from different tissues or cells from other model organisms. Methylome construction can be achieved using a minimal amount of input material using our method; thereby, it has the potential to increase our understanding of dynamic spatiotemporal methylation patterns in model organisms.
#bisulfite sequencing library #DNA methylation #embryo #methylome

목차

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참고문헌 (3)

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Wan Sung Choi / 2021 / UHRF1 Induces Methylation of the TXNIP Promoter and Down-Regulates Gene Expression in Cervical Cancer / Molecules and Cells 44(3):146~159 dbpia Laux, T. / 2004 / Genetic regulation of embryonic pattern formation / Plant Cell 16(Suppl):S190~S202 google schola Yeonhee Choi / 2016 / Optimized Methods for the Isolation of Arabidopsis Female Central Cells and Their Nuclei / Molecules and Cells 39(10):768~775 dbpia

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