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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
저널정보
한국미생물생명공학회 Journal of Microbiology and Biotechnology Journal of Microbiology and Biotechnology 제27권 제8호
발행연도
2017.1
수록면
1,419 - 1,427 (9page)

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As probiotics play an important role in maintaining a healthy gut flora environment through antitoxin activity and inhibition of pathogen colonization, they have been of interest to the medical research community for quite some time now. Probiotic bacteria such as Lactobacillus plantarum, which can be found in fermented food, are of particular interest given their easy accessibility. We performed whole-genome sequencing and genomic analysis on a GB-LP1 strain of L. plantarum isolated from Korean traditional fermented food; this strain is well known for its functions in immune response, suppression of pathogen growth, and antitoxin effects. The complete genome sequence of GB-LP1 is a single chromosome of 3,040,388 bp with 2,899 predicted open reading frames. Genomic analysis of GB-LP1 revealed two CRISPR regions and genes showing accelerated evolution, which may have antibiotic and antitoxin functions. The aim of the present study was to predict strain specific-genomic characteristics and assess the potential of this new strain as lactic acid bacteria at the genomic level using in silico analysis. These results provide insight into the L. plantarum species as well as confirm the possibility of its utility as a candidate probiotic.
#Lactobacillus plantarum GB-LP1 #comparative genomics #probiotic #de novo assembly #antibiotic #glyoxylate reductase/hydroxypyruvate reductase

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Aziz RK / 2008 / The RAST Server: rapid annotations using subsystems technology / BMC Genomics 9 : 75 ~ google schola Baumler AJ / 2016 / Interactions between the microbiota and pathogenic bacteria in the gut / Nature 535 : 85 ~ 93 google schola Bose T / 2015 / COGNIZER:a framework for functional annotation of metagenomic datasets / PLoS One 10 : e0142102 ~ google schola Carver T google schola Carver T / 2009 / DNAPlotter: circular and linear interactive genome visualization / Bioinformatics 25 : 119 ~ 120 google schola

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