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저자정보
정재훈 (서울대학교) 김권도 (서울대학교) 유동안 (서울대학교) 이찬호 (㈜진바이오텍) 강정선 (㈜진바이오텍) 조경진 (㈜진바이오텍) 강대경 (단국대학교) 곽우리 (주식회사 조앤김지노믹스) 윤숙희 (서울대학교) 손화선 (국립수산과학원) 김희발 (서울대학교) 조서애 (주식회사 조앤김지노믹스)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.40 No.2
발행연도
2018.1
수록면
217 - 223 (7page)

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Lactobacillus plantarum is one of the widely-used probiotics and there have been a large number of advanced researches on the effectiveness of this species. However, the difference between previously reported plantarum strains, and the source of genomic variation among the strains were not clearly specified. In order to understand further on the molecular basis of L. plantarum on Korean traditional fermentation, we isolated the L. plantarum GB-LP4 from Korean fermented vegetable and conducted whole genome assembly. With comparative genomics approach, we identified the candidate genes that are expected to have undergone evolutionary acceleration. These genes have been reported to associate with the maintaining homeostasis, which are generally known to overcome instability in external environment including low pH or high osmotic pressure. Here, our results provide an evolutionary relationship between L. plantarum species and elucidate the candidate genes that play a pivotal role in evolutionary acceleration of GB-LP4 in high osmolarity environment. This study may provide guidance for further studies on L. plantarum.

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Abe K / 1996 / Exchange of aspartate and alanine mechanism for development of a proton-motive force in bacteria / J Biol Chem 271:3079~3084 Crossref Aziz RK / 2008 / The RAST Server: rapid annotations using subsystems technology / BMC Genomics 9:75 Crossref Bested AC / 2013 / Intestinal microbiota, probiotics and mental health: from Metchnikoff to modern advances: part II-contemporary contextual research / Gut Pathog 5:1 Crossref Carver TJ / 2005 / ACT: the Artemis comparison tool / Bioinformatics 21:3422~3423 Crossref Carver T / 2009 / DNAPlotter: circular and linear interactive genome visualization / Bioinformatics 25:119~120 Crossref

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