단백질의 세포내 위치를 예측하기 위한 외부정보의 성능 비교

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자료유형: 학술저널

저자정보: 지상문 (경성대학교)

저널정보: Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 제37권 제11호

발행연도: 2010.11

수록면: 803 - 811 (9page)

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단백질의 세포내 위치와 단백질의 기능은 연관성이 크므로, 단백질의 세포내 위치 예측을 통해서 그 기능에 대한 정보를 얻을 수 있다. 예측 정확도를 높이기 위해서 아미노산 서열 정보이외의 외부정보들을 효과적으로 이용하려는 연구가 활발하다. 본 논문에서는 아미노산 서열 유사성, 단백질 프로파일, 유전자 온톨로지, 모티프, 문헌 정보에 내재된 세포내 위치 예측 능력을 비교한다. 단백질간의 서열 유사성이 80% 이하인 PLOC 자료를 사용한 실험에서는 서열 유사성과 유전자 온톨로지를 이용하는 방법이 효과적이며, 94.8%의 예측정확도를 얻었다. 단백질 서열간의 유사성이 30% 이하로서 단백질간의 서열 유사성이 작은 BaCelLo IDS 자료는 유전자 온톨로지를 사용하는 것이 효과적이었고, 동물은 93.2%, 곰팡이는 86.6%의 예측정확도로 크게 향상된 성능을 얻었다.

#단백질의 세포내 위치 예측 #아미노산 서열 유사성 #단백질 프로파일 #유전자 온톨로지 #Protein Subcellular Localization Prediction #Amino Acid Sequence Similarity #Protein Profile #Gene Ontology

참고문헌 (36)

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1. [단행본] - H. Lodish / 2007 / Molecular Cell Biology / W.H. Freeman and Company : 710 ~ 710

2. [학술지(정기간행물)] - O. Emanuelsson / 2000 / Predicting subcellular localization of protein based on their N-terminal amino acid sequence / J. Mol. Biol. 300 : 1005 ~ 1016

3. [학술지(정기간행물)] - R. Nair / 2005 / Mimicking cellular sorting improves prediction of subcellular localization / J. Mol. Biol. 348 : 85 ~ 100

4. [학술지(정기간행물)] - A. Pierleoni / 2006 / BaCelLo: a balanced subcellular localization predictor / Bioinformatics 22 : 408 ~ 416

5. [학술지(정기간행물)] - A. Hoglund / 2006 / MultiLoc: prediction of protein localization using n-terminal targeting sequences, sequence motifs and amino acid compositions / Bioinformatics 22 : 1158 ~ 1165

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