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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 저널정보
- Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 정보과학회논문지 : 소프트웨어 및 응용 제40권 제9호
- 발행연도
- 2013.9
- 수록면
- 483 - 490 (8page)
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단백질의 세포내 위치를 예측하는 많은 방법들은 질의 단백질과 서열 유사성이 높은 단백질의 정보를 이용한다. 본 논문은 이러한 서열 유사성이 큰 단백질들을 고속으로 찾는 방법을 제안한다. 이를 위해, 유전체 데이터베이스에서 질의 DNA 서열의 위치를 찾는데 이용되는 강화된 접미사 배열을 단백질 데이터베이스 탐색에 적합하게 수정한다. 강화된 접미사배열의 하향식 순회 탐색과 이전 탐색결과의 재사용을 이용하여 데이터베이스내의 단백질 중에서 질의 서열의 부분 서열들과 자주 일치하는 서열들을 데이터베이스 크기와 무관하게 질의서열 길이의 선형 시간 복잡도로 찾는다. 찾아진 서열들에 대해서 스미스- 워터만 알고리즘을 사용하여 최종 유사 단백질을 찾는다. 제안 방법은 서열탐색에 가장 널리 쓰이는 BLAST에 비해서 약 300배의 빠른 탐색 속도를 보였고, 단백질의 세포내 위치예측에 적용할 경우 BLAST를 사용하는 방법에 비하여 정확성이 향상되었다.
목차
요약
Abstract
1. 서론
2. 단백질 서열 탐색 방법
3. 강화된 접미사 배열의 서열 탐색 적용
4. 실험 및 분석
References
참고문헌 (22)
참고문헌 신청
1. [학술지(정기간행물)] - T. Blum. / 2009 / MultiLoc2 : integrating phylogeny and Gene Ontology terms improves subcellular protein localization prediction / BMC Bioinformatics 10 (274)
2. [학술지(정기간행물)] - S. Briesemeister / 2009 / SherLoc2 : A high-accuracy hybrid method for predicting subcellular localization of proteins / J. Proteome Research 8 (11) : 5363 ~ 5366
3. [학술지(정기간행물)] - H. -B. Shen. / 2009 / A top-down approach to enhance the power of predicting human protein subcellular localization : Hum-mPLoc 2. 0 / Analytical biochemistry 394 (2) : 269 ~ 274
4. [학술지(정기간행물)] - 지상문 / 2010 / Prediction of protein subcellular localization by weighted gene ontology terms / BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS 399 (3) : 402 ~ 405
5. [학술지(정기간행물)] - S. Mei. / 2011 / Gene ontology based transfer learning for protein subcellular localization / BMC Bioinformatics 12 (44)
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