단백질 서열의 상동 관계를 가중 조합한 단백질 이차 구조 예측

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자료유형: 학술저널

저자정보: 지상문 (경성대학교)

저널정보: 한국정보통신학회 한국정보통신학회논문지 한국정보통신학회논문지 제20권 제9호

발행연도: 2016.9

수록면: 1,816 - 1,821 (6page)

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단백질은 대부분의 생물학적 과정에서 중대한 역할을 수행하고 있으므로, 단백질 진화, 구조와 기능을 알아내기 위하여 많은 연구가 수행되고 있는데, 단백질의 이차 구조는 이러한 연구의 중요한 기본적 정보이다. 본 연구는 대규모 단백질 구조 자료로부터 단백질 이차 구조 정보를 효과적으로 추출하여 미지의 단백질 서열이 가지는 이차 구조를 예측하려 한다. 질의 서열과 상동관계에 있는 단백질 구조자료내의 서열들을 광범위하게 찾아내기 위하여, 탐색에 사용하는 프로파일의 구성에 질의 서열과 유사한 서열들을 사용하고 갭을 허용하여 반복적인 탐색이 가능한 PSI-BLAST를 사용하였다. 상동 단백질들의 이차구조는 질의 서열과의 상동 관계의 강도에 따라 가중되어 이차 구조 예측에 기여되었다. 이차 구조를 각각 세 개와 여덟 개로 분류하는 예측 실험에서 상동 서열들과 신경망을 동시에 사용하여 93.28%와 88.79%의 정확도를 얻어서 기존 방법보다 성능이 향상되었다.

#단백질 이차 구조 #상동 단백질 탐색 #PSI-BLAST #서열 유사성 #Protein secondary structure #Homologous protein search #Sequence similarity

참고문헌 (13)

참고문헌 신청

[단행본] - H. Lodish / 2007 / Molecular Cell Biology / W. H. Freeman and Company

[학술지(정기간행물)] - H. W. Buchan / 2013 / Scalable web services for the PSIPRED protein analysis workbench / Nucleic Acids Res 41 : W72 ~ W76

[학술지(정기간행물)] - C. N. Magnan / 2014 / SSpro/ACCpro 5: almost perfect prediction of protein secondary structure and relative solvent accessibility using profiles, machine learning and structural similarity / Bioinformatics 30 (18) : 2592 ~ 2597

[학술지(정기간행물)] - C. Mirabello / 2013 / Porter, PaleAle 4.0:high-accuracy prediction of protein secondary structure and relative solvent accessibility / Bioinformatics 29 (16) : 2056 ~ 2058

[학술지(정기간행물)] - R. Yan / 2013 / A comparative assessment and analysis of 20 representative sequence alignment methods for protein structure prediction / Scientific Reports 3

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