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저자정보
Himansu Kumar (농촌진흥청 국립축산과학원) Krishnamoorthy Srikanth (농촌진흥청 국립축산과학원) 박원철 (농촌진흥청 국립축산과학원) 이경태 (농촌진흥청 국립축산과학원) 최봉환 (농촌진흥청 국립축산과학원) 김준모 (중앙대학교) 임다정 (국립축산과학원 동물유전체과) 박종은 (농촌진흥청 국립축산과학원)
저널정보
충북대학교 동물의학연구소 Journal of Biomedical and Translational Research Journal of Biomedical and Translational Research 제19권 제4호
발행연도
2018.12
수록면
116 - 124 (9page)

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Korean Native Pig (KNP) has a uniform black coat color, excellent meat quality, white colored fat, solid fat structure and good marbling. However, its growth performance is low, while the western origin Yorkshire pig has high growth performance. To take advantage of the unique performance of the two pig breeds, we raised crossbreeds (KNP × Yorkshire to make use of the heterotic effect. We then analyzed the liver transcriptome as it plays an important role in fat metabolism. We sampled at two stages: 10 weeks and at 26 weeks. The stages were chosen to correspond to the change in feeding system. A total of 16 pigs (8 from each stage) were sampled and RNA sequencing was performed. The reads were mapped to the reference genome and differential expression analysis was performed with edgeR package. A total of 324 genes were found to be significantly differentially expressed (|log2FC| > 1 & q < 0.01), out of which 180 genes were up-regulated and 144 genes were down-regulated. Principal Component Analysis (PCA) showed that the samples clustered according to stages. Functional annotation of significant DEGs (differentially expressed genes) showed that GO terms such as DNA replication, cell division, protein phosphorylation, regulation of signal transduction by p53 class mediator, ribosome, focal adhesion, DNA helicase activity, protein kinase activity etc. were enriched. KEGG pathway analysis showed that the DEGs functioned in cell cycle, Ras signaling pathway, p53 signaling pathway, MAPK signaling pathway etc. Twenty-nine transcripts were also part of the DEGs, these were predominantly Cys2His2-like fold group (C2H2) family of zinc fingers. A protein-protein interaction (PPI) network analysis showed that there were three highly interconnected clusters, suggesting an enrichment of genes with similar biological function. This study presents the first report of liver tissue specific gene regulation in a cross-bred Korean pig.
#Korean Native Pig #Yorkshire Pig #Principal Component Analysis #edgeR #MAPK signaling pathway

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조수현 / 2007 / 재래돼지의 성별에 따른 육질, 영양학적 조성 및 관능특성 비교 / 한국축산식품학회지 27(4):475~482 dbpia 오하식 / 2008 / 돼지 품종의 교배조합간 육질특성 비교 / 한국축산식품학회지 28(2):171~180 dbpia 김계웅 / 2018 / Physicochemical properties of M. longissimus dorsi of Korean native pigs / 한국축산학회지 60(3):1~5 Crossref Lundstrom K / 1998 / Sensory and technological meat quality in carriers and non-carriers of the RN− allele in Hampshire crosses and in purebred Yorkshire pigs / Meat Sci 48:115~124 google schola Warriss PD / 1998 / Effect of lairage time on levels of stress and meat quality in pigs / Anim Sci 66:255~261 google schola

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