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황색 모자이크 병징을 보이는 프리지아(Freesia refracta Klatt.) 두 품종 Pinksia-1와 Pinksia-2으로부터 잎 샘플을 채취하였다. RNA-sequencing과 생물정보학 분석을 통해 포티비리대과 포티바이러스속의 콩황화모자이크바이러스(BYMV) 3개 유전체를 동정하였다. 3개 BYMV 유전체 크기는 9,528 nucleotides (nt)이며, 세 개 BYMV 유전체 서열의 경우 99.90%에서 99.91%의 동일성을 보여주었다. 본 연구에서 동정된 BYMV 유전체의 경우 모두 한국의 프리지아에서 동정된 Fr분리주와 매우 가까운 것으로 밝혀졌다. BYMV유전체는 단일 가닥의 positive RNA로 구성되어 있으며 하나의 큰 폴리프로틴을 만들며, 이 폴리프로틴은 총 10개의 서로 다른 바이러스 단백질로 잘려진다. 또한 BYMV유전체는 PIPO단백질을 만든다. 본 연구에서는 RNA-sequencing을 통해 한국 프리지아에서 동정된 세 개의 BYMV 유전체 정보를 보고한다.
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Bellardi MG and Bertaccini A. 1989. Virus diseases of Freesia in Italy. Adv. Hortic. Sci. 3, 29–32.
Capella-Gutiérrez S, Silla-Martínez JM, and Gabaldón T. 2009. trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses. Bioinformatics 25, 1972–1973.
Choi SH, Yoon JY, Ryu KH, and Choi SK. 2013. The complete nucleotide sequence of a Korean isolate Bean yellow mosaic virus from Freesia sp. and comparison to other potyviruses. Res. Plant Dis. 19, 77–83.
Haas BJ, Papanicolaou A, Yassour M, Grabherr M, Blood PD, Bowden J, Couger MB, Eccles D, Li B, Lieber M, et al. 2013. De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nat. Protoc. 8, 1494–1512.
Katoh K and Standley DM. 2013. MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability. Mol. Biol. Evol. 30, 772–780.
Capella-Gutiérrez S, Silla-Martínez JM, and Gabaldón T. 2009. trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses. Bioinformatics 25, 1972–1973.
Choi SH, Yoon JY, Ryu KH, and Choi SK. 2013. The complete nucleotide sequence of a Korean isolate Bean yellow mosaic virus from Freesia sp. and comparison to other potyviruses. Res. Plant Dis. 19, 77–83.
Haas BJ, Papanicolaou A, Yassour M, Grabherr M, Blood PD, Bowden J, Couger MB, Eccles D, Li B, Lieber M, et al. 2013. De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nat. Protoc. 8, 1494–1512.
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