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땅콩 식물을 감염시키는 바이러스를 확인하기 위해, 우리는 바이러스성 질병 증상을 보이는 3개의 땅콩 식물의 잎 샘플을 한국 전주 지역에서 수집했다. 개별 식물 샘플에서 total RNA를 추출한 후, 우리는 RNA 시퀀싱을 위해 세 개의 서로 다른 리보솜 삭제 라이브러리를 생성했다. 세 개의 라이브러리가 쌍으로 배열되어 염기 서열이 분석되었다. Raw data를 이용해 de novo 전사체 조립을 수행하였고, 바이러스 게놈 데이터베이스에 대한 BLASTN 검색을 수행하였다. 세 개의 땅콩식물에 감염된 강낭콩 일반 모자이크바이러스(bean common mosaic virus, BCMV) 확인하였다. 세 개의 라이브러리에서 10,049개의 뉴클레오타이드에서 10,039개의 뉴클레오타이드로 두 개의 open reading frame을 인코딩하는 완전한 게놈 BCMV 3개를 얻었다. 세 개의 BCMV 게놈은 모두 한국의 콩에서 동정된 BCMV 분리형 하얼빈 1호와 서열 유사성을 보였다. 이 결과는 BCMV가 땅콩을 감염시킨 것이 BCMV가 콩을 감염시킨 것에서 비롯되었거나 그 반대일 수 있음을 시사한다. 본 연구에서는 한국의 땅콩에서 동정된 3개의 BCMV 분리주의 완전한 게놈 서열을 보고한다.
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Capella-Gutiérrez S, Silla-Martínez JM, and Gabaldón T. 2009.
trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses. Bioinformatics 25, 1972–1973.
Haas B J, P apanicolaou A , Yassour M , Grabherr M , Blood PD, Bowden J, Couger MB, Eccles D, Li B, Lieber M, et al. 2013. De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nat. Protoc. 8, 1494–1512.
Jo Y, Kim KH, and Cho WK. 2021. First report of bean common mosaic virus infecting common bean (Phaseolus vulgaris L.) in Korea. J. Plant Pathol. 103, 1061–1062.
Jo Y, Yoon YN, Jang YW, Choi H, Lee YH, Kim SM, Choi SY, Lee BC, and Cho WK. 2020. Soybean viromes in the Republic of Korea revealed by RT-PCR and next-generation sequencing. Microorganisms 8, 1777.
trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses. Bioinformatics 25, 1972–1973.
Haas B J, P apanicolaou A , Yassour M , Grabherr M , Blood PD, Bowden J, Couger MB, Eccles D, Li B, Lieber M, et al. 2013. De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nat. Protoc. 8, 1494–1512.
Jo Y, Kim KH, and Cho WK. 2021. First report of bean common mosaic virus infecting common bean (Phaseolus vulgaris L.) in Korea. J. Plant Pathol. 103, 1061–1062.
Jo Y, Yoon YN, Jang YW, Choi H, Lee YH, Kim SM, Choi SY, Lee BC, and Cho WK. 2020. Soybean viromes in the Republic of Korea revealed by RT-PCR and next-generation sequencing. Microorganisms 8, 1777.
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