지원사업
학술연구/단체지원/교육 등 연구자 활동을 지속하도록 DBpia가 지원하고 있어요.
커뮤니티
연구자들이 자신의 연구와 전문성을 널리 알리고, 새로운 협력의 기회를 만들 수 있는 네트워킹 공간이에요.
초록· 키워드
오류제보하기
왜화, 융기, 황색 등 바이러스성 질환 증상이 심한 콩 식물을 발견했다. 바이러스병을 일으키는 병원체를 밝히기 위해, 감염된 잎 샘플에서 총 RNA를 추출하고, 리보솜 삭제 라이브러리를 준비한 후 RNA 염기서열 분석을 실시하였다. Raw data를 de novo 조립하였으며, 조립된 contig들을 이용하여 바이러스 단백질 데이터베이스에 매치하여 BLASTX 검색을 수행하였다. Luteoviridae과의 Luteovirus속의 콩위축바이러스(Soybean dwarf virus, SbDV)와 관련된 4개의 contig들을 동정하였다. 5개의 ORF (Open Reading Frame)를 코드하는 5,686개의 뉴클레오티드를 가진 SbDV 분리주 HS의 완전한 게놈을 얻었다. 계통학 분석 결과, SbDV 분리 HS는 미국과 체코로부터 분리되는 A 그룹에 속하는 것으로 나타났다. 본 연구에서는 RNA-sequencing을 이용해 한국의 콩에 감염되어 있는 SbDV 분리 HS의 전체 유전체 서열을 보고한다.
목차
등록된 정보가 없습니다.
참고문헌 (10)
참고문헌 신청
Capella-Gutiérrez S, Silla-Martínez JM, and Gabaldón T. 2009. trimAl: a tool for automated alignment trimming in large-scale phylogenetic analyses. Bioinformatics 25, 1972–1973.
Damsteegt V, Hewings A, and Sindermann A. 1990. Soybean dwarf virus: experimental host range, soybean germ plasm reactions, and assessment of potential threat to U.S. soybean production. Plant Dis. 74, 992–995.
Haas BJ, Papanicolaou A, Yassour M, Grabherr M, Blood PD, Bowden J, Couger MB, Eccles D, Li B, Lieber M, et al. 2013. De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nat. Protoc. 8, 1494–1512.
Jo Y, Yoon YN, Jang YW, Choi H, Lee YH, Kim SM, Choi SY, Lee BC, and Cho WK. 2020. Soybean viromes in the Republic of Korea revealed by RT-PCR and next-generation sequencing. Microorganisms 8, 1777.
Katoh K and Standley DM. 2013. MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability. Mol. Biol. Evol. 30, 772–780.
Damsteegt V, Hewings A, and Sindermann A. 1990. Soybean dwarf virus: experimental host range, soybean germ plasm reactions, and assessment of potential threat to U.S. soybean production. Plant Dis. 74, 992–995.
Haas BJ, Papanicolaou A, Yassour M, Grabherr M, Blood PD, Bowden J, Couger MB, Eccles D, Li B, Lieber M, et al. 2013. De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nat. Protoc. 8, 1494–1512.
Jo Y, Yoon YN, Jang YW, Choi H, Lee YH, Kim SM, Choi SY, Lee BC, and Cho WK. 2020. Soybean viromes in the Republic of Korea revealed by RT-PCR and next-generation sequencing. Microorganisms 8, 1777.
Katoh K and Standley DM. 2013. MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability. Mol. Biol. Evol. 30, 772–780.
함께 읽어보면 좋을 논문
논문 유사도에 따라 DBpia 가 추천하는 논문입니다. 함께 보면 좋을 연관 논문을 확인해보세요!
-
Complete genome sequence of Peanut mottle virus identified from soybean (Glycine max L.) using RNA-sequencing
미생물학회지
2020 .09
-
De novo Genome Assembly and Single Nucleotide Variations for Soybean Mosaic Virus Using Soybean Seed Transcriptome Data
The Plant Pathology Journal
2017 .10
-
Comparative transcriptome analysis reveals higher expression of stress and defense responsive genes in dwarf soybeans obtained from the crossing of G. max and G. soja
Genes & Genomics
2019 .01
-
Identification of Plant Viruses Infecting Pear Using RNA Sequencing
The Plant Pathology Journal
2021 .06
-
식물 RNA 바이러스의 진화와 병저항성 극복 기작
Research in Plant Disease(식물병연구)
2021 .12
-
Deep Sequencing Analysis of Apple Infecting Viruses in Korea
The Plant Pathology Journal
2016 .10
-
Complete genome sequences of three bean common mosaic virus isolates identified from peanut (Arachis hypogaea L.)
미생물학회지
2022 .09
-
2020-2022년 국내에서 새롭게 보고된 식물바이러스 및 기주 식물
Research in Plant Disease(식물병연구)
2023 .06
-
조리방법에 따른 콩의 무기질 함량
한국지역사회생활과학회지
2017 .11
-
콩 추출물의 라디칼 소거 및 항염증 활성
한국지역사회생활과학회지
2020 .05
-
Identification of a novel plant RNA virus species of the genus Amalgavirus in the family Amalgaviridae from chia (Salvia hispanica)
Genes & Genomics
2019 .01
-
Complete Genome Sequence of Bacillus subtilis E5 Isolated from Chungkukjang, Korean Fermented Soybean Food
한국미생물학회 학술대회논문집
2021 .08
-
딸기바이러스 진단을 위한 최적의 RNA 추출 방법 및 주요 7종 딸기바이러스의 진단법 개발
Research in Plant Disease(식물병연구)
2020 .09
-
The Crucial Role of Chloroplast-Related Proteins in Viral Genome Replication and Host Defense against Positive-Sense Single-Stranded RNA Viruses
The Plant Pathology Journal
2023 .02
-
Genome-wide association analysis for yield-related traits at the R6 stage in a Chinese soybean mini core collection
Genes & Genomics
2021 .08
-
연령에 따른 여성들의 된장에 대한 인식과 이용실태 : 대구지역 중심으로
동아시아식생활학회지
2016 .08
-
Seed Transmission of Tomato yellow leaf curl virus in White Soybean (Glycine max)
The Plant Pathology Journal
2017 .08
-
Molecular Characterization of an Isolate of Bean Common Mosaic Virus First Identified in Gardenia Using Metatranscriptome and Small RNA Sequencing
The Plant Pathology Journal
2024 .02
-
추출조건에 따른 콩잎 추출물의 이소플라본 함량 및 이화학적 특성
한국미생물·생명공학회지
2019 .01
-
식물바이러스 면역반응 최신 연구 동향 및 전망
Research in Plant Disease(식물병연구)
2018 .03
이 논문의 저자 정보
이 논문과 함께 이용한 논문
Complete genome sequence of a novel soybean mosaic virus isolated from soybean seeds in Korea
You-Seop Shin
,
Tae-Seon Pa
,
k
외 10명
미생물학회지
2023
.09
Complete genome sequences of three isolates of Bean yellow mosaic virus identified from freesia (Freesia refracta Klatt.)
Hoseong Choi
,
Yeonhwa Jo
,
Bong Choon Lee
외 2명
미생물학회지
2022
.09
최근 본 자료
댓글(0)
0
UCI(KEPA) : I410-ECN-0101-2022-475-001683586