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유전자 재조합과 점돌연변이는 아프리카돼지열병 바이러스 유전체 진화에 영향을 미치는 것으로 알려져 있다. 본 논문에서 박테리아 유전체를 분석하는데 주로 사용되지만 아프리카돼지열병 바이러스의 긴 유전체에도 적용할 수 있는 모델에 기반한 ClonalFrameML 방법을 이용하여 유전자 재조합과 점돌연변이라는 두 가지 진화적 힘의 상대적인 효과를 정량화한다. 아프리카돼지열병 바이러스 유전체의 서열 정렬에서 유추한 유전자 재조합 영역을 이용하여 유전자 재조합의 염기 서열 치환 효과는 점돌연변이의 염기 서열 치환 효과의 약 1.5배임을 밝혔다. 그리고, 유전자 재조합을 고려한 경우와 무시한 경우의 아프리카돼지열병 바이러스의 계통수를 자세히 비교한다. 아프리카돼지열병 바이러스 계통수 유추에 유전자 재조합을 고려하지 않는 경우 계통수의 가지 길이의 유추에 심한 왜곡이 일어남을 확인한다. 아프리카돼지열병 바이러스 유전체와 같이 길이가 긴 유전체로 이루어진 다른 바이러스들의 진화에 대한 연구를 위해서 ClonalFrameML 프레임워크를 적용하는 가능성의 고찰에 대한 토의로 마무리한다.
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Achenbach JE, Gallardo C, Nieto-Pelegrin E, Rivera-Arroyo B, Degefa-Negi T , Arias M, Jenberie S, Mulisa DD, Gizaw D , Gelaye E, et al. 2017. Identification of a new genotype of African swine fever virus in domestic pigs from Ethiopia. Transbound. Emerg. Dis. 64, 1393?1404.
Alexa A, Rahnenfuhrer J, and Lengauer T. 2006. Improved scoring of functional groups from gene expression data by decorrelating GO graph structure. Bioinformatics 22, 1600?1607.
Araujo FA, Barh D, Silva A, Guimaraes L, and Ramos RTJ. 2018. GO FEAT: a rapid web-based functional annotation tool for genomic and transcriptomic data. Sci. Rep. 8, 1794.
Arias M, Jurado C, Gallardo C, Fernandez-Pinero J, and Sanchez- Vizcaino JM. 2018. Gaps in African swine fever: analysis and priorities. Transbound. Emerg. Dis. 65, 235?247.
Bastos ADS, Penrith ML, Cruciere C, Edrich JL, Hutchings G, Roger F, Couacy-Hymann E, and Thomson GR. 2003. Genotyping field strains of African swine fever virus by partial p72 gene characterisation. Arch. Virol. 148, 693?706.
Alexa A, Rahnenfuhrer J, and Lengauer T. 2006. Improved scoring of functional groups from gene expression data by decorrelating GO graph structure. Bioinformatics 22, 1600?1607.
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Bastos ADS, Penrith ML, Cruciere C, Edrich JL, Hutchings G, Roger F, Couacy-Hymann E, and Thomson GR. 2003. Genotyping field strains of African swine fever virus by partial p72 gene characterisation. Arch. Virol. 148, 693?706.
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