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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학술저널
- 저자정보
- 발행연도
- 2022.6
- 수록면
- 208 - 221 (14page)
- DOI
- 10.5762/KAIS.2022.23.6.208
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긴꼬리닭의 품종 특이 표현형에 대한 유전자 발현의 조절인자를 구명하기 위해서, 전장 유전체에서 DNA-메틸화를 중심으로 살펴보았다. 메틸화된 CpG 부위를 포함하는 차등 메틸화 영역(DMR)은 단일 CpG 부위와 비교하여 질병진행에 중요한 영향을 미친다. 본 연구는 긴꼬리닭 수컷의 조직샘플에서 생산한 DNA 데이터를 이용하여 메틸화 분석을 수행했다. Bowtie2를 이용하여 참조서열에 맵핑하였다. MEDIPS 패키지를 통해 전장유전체에서 DNA 메틸화 분석을 했다. 이를 통해 전체 염색체의 구역별 CpG 수를 확인했고 통계적인 유의 기준으로(logFC > 0 및 p-value < 0.01)혀 대비 깃털 조직 관련 DMR 유전자를 선별하였다. DMR 유전자들은 유전자 온톨로지(GO) 분석을 통해 기능을 확인하였으며, Circos plot을 사용해 연구 결과를 시각화하였다. 결과적으로 DNA 메틸화 분석을 통해 조직별 CpG 영역을 확인하였고 가슴 깃, 꽁지깃, 꽁지 부근 깃에서 각각 48개, 6개, 472개 DMR 유전자를 확인하였다. 특히 가장 많은 수의 차등 메틸화 영역 유전자가 나온 꽁지 부근 깃털 조직에서 Wnt-신호전달 경로가 활성화됐다. 긴꼬리닭 수컷의 특이적인 형질인 꽁지깃 및 환우에 대하여 후성 유전학적 측면의 해석이 가능할 것으로 보인다.
목차
요약
Abstract
1. 서론
2. 실험재료 및 연구방법
3. 실험결과 및 고찰
4. 결론
References
참고문헌 (25)
참고문헌 신청
L. D. Moore, T. Le, G. Fan, “DNA Methylation and Its Basic Function”, Neuropsychopharmacology Vol.38, No.1, pp.23–38, July 2012. DOI: https://doi.org/10.1038/npp.2012.112
J. H. Oh, Y. D. Kwon, B. W. Yoon, “Understanding of epigenetocs and DNA methylation”, Maxillofacial Plastic Reconstructive Surgery Vol.30, No.3, pp.302-309, May 2008.
D. Zilberman, M. Gehring, R. K. Tran, T. Ballinger, S. Henikoff, “Genome-wide analysis of Arabidopsis thaliana DNA methylation uncovers an interdependence between methylation and transcription”, Nature Genetics Vol.39, No.1, pp.61–69, November 2007. DOI: https://doi.org/10.1038/ng1929
M. Gehring, K. L Bubb, S. Henikoff, “Extensive demethylation of repetitive elements during seed development underlies gene imprinting”, Science Vol.324, No.5933, pp.1447–1451, June 2009. DOI: https://doi.org/10.1126/science.1171609
T. F. Hsieh, C. A. Ibarra, P. Silva, A. Zemach, L. E. Williams, “Genome-wide demethylation of Arabidopsis endosperm”, Science Vol.324, No.5933, pp.1451–1454, June 2009. DOI: https://doi.org/10.1126/science.1172417
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