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저자정보
김인서 (서울대학교) 박지영 (서울대학교) 이윤선 (서울대학교) 조호준 (서울대학교) 강신재 (서울대학교 식물유전체육종연구소) JAYAKODI MURUKARTHICK (Phyzen Genomics Institute) 이현오 (일송환경복원(주)) 허영진 (일송환경복원(주)) 김용 (일송환경복원(주)) 김경훈 (서울대학교) 이상춘 (서울대학교) 양태진
저널정보
한국육종학회 Plant Breeding and Biotechnology Plant Breeding and Biotechnology Vol.5 No.3
발행연도
2017.1
수록면
243 - 251 (9page)

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Rhus chinensis is a shrub widely distributed in Asia. It has been used for traditional medicine and ecological restoration. Here, we report the complete chloroplast genome sequence of two R. chinensis genotypes collected from China and Korea. The assembled chloroplast genome of Chinese R. chinensis is 149,094 bp long, consisting of a large single copy (97,246 bp), a small single copy (18,644 bp) and a pair of inverted repeats (16,602 bp). Gene annotation revealed 77 protein coding genes, 30 tRNA genes, and 4 rRNA genes. A phylogenomic analysis of the chloroplast genomes with 11 known complete chloroplast genomes clarified the relationship of R. chinensis with the other plant species in the Sapindales order. A comparative chloroplast genome analysis identified 170 SNPs and 85 InDels at intra-species level of R. chinensis between Chinese and Korean collections. Based on the sequence diversity between Korea and Chinese R. chinensis plants, we developed three DNA markers useful for genetic diversity and authentication system. The chloroplast genome information obtained in this study will contribute to enriching genetic resources and conservation of endemic Rhus species.

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참고문헌 (27)

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Allen GC / 2006 / A modified protocol for rapid DNA isolation from plant tissues using cetyltrimethylammonium bromide / Nat. Protoc 1:2320~2325 google schola Cheng Y / 2005 / A set of primers for analyzing chloroplast DNA diversity in Citrus and related genera / Tree Physiol 25:661~672 google schola Djakpo O / 2010 / Rhus chinensis and Galla Chinensis--folklore to modern evidence: review / Phytother. Res 24:1739~1747 google schola Dong W / 2012 / Highly variable chloroplast markers for evaluating plant phylogeny at low taxonomic levels and for DNA barcoding / PLoS One 7:e35071 google schola Fujii N / 1995 / Intraspecific sequence variation in chloroplast DNA of Primula cuneifolia Ledeb. (Primulaceae) / J. Phytogeogr. Taxon 43:15~24 google schola

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