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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
Kou Meng (Chinese Academy of?Agricultural Sciences)
저널정보
한국식물생명공학회 Plant Biotechnology Reports Plant Biotechnology Reports 제14권 제6호
발행연도
2020.1
수록면
713 - 723 (11page)

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Sweetpotato, Ipomoea batatas L., Convolvulaceae, rich in starch, is a major staple economically important root crop world wide. Limited functional genomics resources and whole genome studies could be improved through the development of next-generation sequencing technologies. Illumina sequencing of three sweetpotato varieties, Xushu 18, Xu 781 and Xushu 25, including de novo transcriptome assembly, functional annotation, and diferential expression of potential starch biosyn thesis-related genes are described. A total of 2508, 1807 and 3169?Mb clean reads were generated for Xushu 18, Xu 781 and Xushu 25, and were assembled into 32,112, 35,788 and 36,955 unigenes with an average length of 787, 802 and 824?bp, respectively. BLAST against the NCBI non-redundant protein, the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) and the Gene Ontology (GO) databases have classifed these unigenes into functional categories for understanding gene functions and regulation pathways. The proportion of up-regulated DEGs was lower than that of the down-regulated DEGs among three sweetpotato cultivars. The similar proportion of the up/down-regulated gene number was presented between Xushu 25 and one of its parents (Xushu18 and Xu 781). Moreover, 14 unigenes related to starch biosynthesis in Xushu 18 and Xu 781were searched out from the transcriptome sequencing data. Furthermore, gene expression of these genes in storage root during diferent developing stages was also investigated, 6 types of gene expression patterns were summarized. The novel sequence dataset developed in this study will be helpful for the further genetic characterization and studies of starch biosynthesis in sweetpotato.
#Sweetpotato?· Transcriptome?· RNA-seq?· Starch biosynthesis?· Gene expression

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참고문헌 (41)

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Antonio GC / 2011 / Sweetpotato:production, morphological and physicochemical characteristics, and technological process / Fruit Veg Cereal Sci 5:1~18 google schola Bae JM / 2014 / Overexpression of sweetpotato expansin cDNA (IbEXP1) increases seed yield in Arabidopsis / Transgenic Res 23(4):657~667 google schola Bovell-Benjamin AC / 2007 / Sweet potato: a review of its past, present, and future role in human nutrition / Adv Food Nutr Res 52:1~59 google schola Deng WK / 2014 / HemI: a toolkit for illustrating heatmaps / PLoS ONE 9(11):e111988 google schola Ding F / 2016 / Changes in SBPase activity influence photosynthetic capacity, growth, and tolerance to chilling stress in transgenic tomato plants / Sci Rep 6:32741 google schola

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