세무조사를 위한 질문검사권의 행사는 납세자의 재산권, 영업의 자유 및 사생활의 비밀, 주거의 평온 등을 침해할 소지가 많기 때문에 납세자의 기본권 보호와 공평한 과세라는 공익은 항상 긴장관계에 있게 된다. 국세기본법과 조사사무처리규정은 납세자의 기본권 보장을 위해 세무조사절차를 상세하게 규정하고 있음에도 불구하고 세무조사의 실시여부나 대상자 선정, 조사 범위, 조사방법 등에 대해서 여전히 세무공무원의 재량이 폭넓게 인정되고 있다. 그러나 재량권의 행사도 일반원칙에 적합하게 이루어져야 하며, 헌법상 적법절차원칙이 행정법의 일반원칙으로서 재량 심사 기준이 될 수 있다. 또한 세무조사는 다른 행정조사보다 절차적 적법성이 강하게 요구된다. 현행 조사사무처리규정은 절차적 적법성을 많이 보장하고 있기는 하지만, 본 논문에서는 추후 개선하거나 보완해야 할 내용을 몇 가지 점에서 검토하였다. 구체적으로, 세무조사의 절차적 규정을 현재는 국세청 훈령인 조사사무처리규정에 두고 있지만, 이는 내부적 사무처리기준으로 대외적 효력에 의문이 제기될 수 있으므로, 권리에 영향을 미치는 절차적 규정은 상위 법령에 두는 것이 타당하다. 그리고 조사사무처리규정상 세무조사로 보지 않는 ‘현장확인’은 내용이나 범위가 세무조사에 해당하므로, 이를 굳이 구분할 필요가 없고, 이를 포함하여 세무조사의 범위를 확대하여 규정하는 것이 타당하다. 이 외에도 행정조사기본법에서 규정하고 있는 조사대상자 선정기준에 대한 열람신청권, 조사공무원에 대한 교체 신청권 또는 기피권, 조사과정에 대한 녹음·녹화권을 세무조사에도 인정하여야 한다. 또한 납세자 및 세무대리인에 대한 성실성에 대한 요구가 높아지는 것에 대응하여 조사공무원의 조사권 남용이나 비밀유지의무 위반에 대한 징계도 법령에 명문으로 규정하여 균형을 이루는 것이 타당하다.
We have adopted the self-assessment tax system. This is an expression of national sovereignty principle. However, if the taxpayer has filed a false return or did not report, in order to confirm the fact of taxation, National Tax Service agent should have a tax investigation. This is to achieve a fair taxation. However, tax audit may infringe on taxpayer's rights, privacy, the secret of the business.
The National Tax Law and National Tax Service Regulation have the tax audit procedure in detail for the taxpayers' rights. However, NTS agent also have wide discretion about the subject of a tax audit, audit range, audit methods etc. Therefore the principle of due process of the Constitution might be the criteria to limit such discretion.. In addition, the tax audit required the due procedure stronger than other administrative audit.
In this paper, I suggested some improvements. For examples, the procedure of the tax audit must be codified in form of the Act, not the Ruling. The reason is that the Ruling affects on but the internal procedure, not the external rights. The Administrative audit Law ruled many procedures, among them we have to focus on the right of being informed that why and how the taxpayer is selected, the right to change the NTS agent into another agent or avoid that agent, and the right to record NTS interviews. We can see the Internal Revenue Manual in America permits the taxpayer to record an IRS interview when it is approved by an IRS group manager, the taxpayer furnishes the recording equipment, the IRS is also permitted to make its own recording, and the recording occurs at a suitable location, normally an IRS office. Finally, the punishment should be codified, when the NTS agent neglects or offend the obligation of confidentiality or abuse of tax audit.