CpG Island 검색용 윈도우 프로그램 개발

김기봉

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자료유형: 학술저널

저자정보: 김기봉

저널정보: 한국생명과학회 생명과학회지 생명과학회지 제18권 제8호

발행연도: 2008.8

수록면: 1,132 - 1,139 (8page)

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CpG island는 유전자의 발현 기작과 많은 관련이 있다. 포유동물 유전자의 약 30～60% 정도의 프로모터와 엑손부위에 CpG island가 존재 한다. 최근의 연구 결과에 따르면 CpG island의 과메틸화는 주요 암 억제유전자들을 불활성화시켜 암을 일으키는 주요 요인이 되는 것으로 밝혀졌다. CpG island의 과메틸화는 거의 모든 암 종류에서 발견되고 있다. 따라서 CpG island를 검색하는 프로그램은 매우 중요한 의미를 갖는다. 그래서 D. Takai 와 P. A. Jones 등이 2002년 검증한 CpG island 정의 기준을 이용하여 윈도우 기반의 소프트웨어 프로그램인 CpGi를 개발하였다. CpGi는 Visual C++ 6.0로 구현하였으며, 입력서열 양식은 FASTA 포맷을 허용하도록 구성하였다. CpGi의 검색 성능을 평가하기 위해 2개의 인간 Contig, 즉, AP00524 (22번 염색체)와 NT_029490.3 (21번 염색체) 등을 대상으로 기존의 다른 CpG island 검색 프로그램인 Emboss-CpGPlot 및 CpG Island Searcher 등과 검색결과를 비교 분석하였다. CpGi에 의한 검색 결과는 다른 두 프로그램에 비해 같거나 오히려 보다 정확한 검색 결과를 보여주었다. CpGi는 사용자 친화적인 윈도우 인터페이스로 구현되어 있어 사용자가 프로그램을 구동하고 이용하기 매우 쉽고, 분석결과에 대한 이해도 용이하다. 본 프로그램은 사용자가 지정한 파라미터 값들(%GC, Obs (CpG)/Exp (CpG), 분석 윈도우 크기, 스텝크기, Gap 허용치, #CG)에 의해 CpG island의 위치를 결정하고, G+C%와 CpG island의 위치를 시각적으로 보여준다. 결과적으로, CpGi는 CpG island 관련 실험 연구자들뿐만 아니라 대용량서열 분석 및 주석 작업을 위해 매우 유용한 도구로 활용될 수 있을 것이다.

#CpG island #hypermethylation #gene prediction #Visual C++ #G+C%

참고문헌 (27)

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1. [학술지(정기간행물)] - Antequera, F. / 1993 / Number of CpG islands and genes in human and mouse / Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90 : 11995 ~ 11999

2. [학술지(정기간행물)] - Bird,A. / 1986 / CpG-richislands and the function of DNA methylation / Nature 321 : 209 ~ 213

3. [학술지(정기간행물)] - Bird,A. / 2002 / DNA methylation patterns and epigenetic memory / Genes & Dev 16 : 6 ~ 21

4. [학술지(정기간행물)] - Clark, S. J. / 2002 / DNA methylation and gene silencing in cancer: which is the guilty party / Oncogene 21 : 5380 ~ 5387

5. [학술지(정기간행물)] - Cravo, M. / 1996 / Global DNA hypomethylation occurs in the early stages of intestinal type gastric carcinoma / Gut 39 : 434 ~ 438

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