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자료유형
학술저널
저자정보
Park, Kie-Jung (Division of Bio-Medical informatics, Centers for Genome Science, Korea National Institute of Health) Kim, Ki-Bong (Department of Biomedical Technology, Sangmyung University)
저널정보
한국유전체학회 Genomics & informatics Genomics & informatics 제9권 제4호
발행연도
2011.1
수록면
194 - 196 (3page)

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Promoter prediction is a very important problem and is closely related to the main problems of bioinformatics such as the construction of gene regulatory networks and gene function annotation. In this context, we developed an integrated promoter prediction program using hybrid methods, PromoterWizard, which can be employed to detect the core promoter region and the transcription start site (TSS) in vertebrate genomic DNA sequences, an issue of obvious importance for genome annotation efforts. PromoterWizard consists of three main modules and two auxiliary modules. The three main modules include CDRM (Composite Dependency Reflecting Model) module, SVM (Support Vector Machine) module, and ICM (Interpolated Context Model) module. The two auxiliary modules are CpG Island Detector and GCPlot that may contribute to improving the predictive accuracy of the three main modules and facilitating human curator to decide on the final annotation.
#regulatory networks #TSS #CDRM #SVM #CpG Island detector #GCPlot

목차

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Bucher, P / 1990 / Weight Matrix Description of Four Eukaryotic RNA Polymerase II Promoter Elements Derived from 502 Unrelated Promoter Sequences / J. Mol. Biol 212:563~578 google schola Delcher, A.L / 1999 / Improved Microbial Gene Identification with GLIMMER / Nucleic Acids Res 27:4636~4641 google schola 김기봉 / 2004 / Composite Dependency-reflecting Model for Core Promoter Recognition in Vertebrate Genomic DNA Sequences / BMB reports 37(6):648~656 google schola 김기봉 / 2007 / 유전자 프로모터 예측을 위한 Support Vector Machine의 응용 방법에 대한 연구 / 생명과학회지 17(5):714~718 dbpia 김기봉 / 2010 / CpG Islands Detector: a Window-based CpG Island Search Tool / Genomics & Informatics 8(1):58~61 google schola

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