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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 데이타베이스 정보과학회논문지 : 데이타베이스 제33권 제3호
발행연도
2006.6
수록면
251 - 260 (10page)

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이 논문의 연구 히스토리 (3)

2006

클러스터 세그먼트 인덱스를 이용한 단백질 이차 구조의 효율적인 유사 검색
서민구 ,  박상현 ,  원정임 정보과학회논문지 : 데이타베이스 2006.06 학술저널

2004

단백질 이차 구조에 대한 패턴 검색을 위한 클러스터 세그먼트 인덱싱
서민구 ,  박상현 ,  원정임 한국정보과학회 학술발표논문집 2004.05 학술대회자료
단백질 이차구조의 검색을 위한 클러스터링된 세그먼트 인덱싱
서민구 ,  박상현 한국정보과학회 학술발표논문집 2004.04 학술대회자료

초록· 키워드

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단백질 일차 구조(아미노산 배열)에 대한 상동 검색은 유전자나 단백질의 기능과 진화 과정을 유추하기 위한 필수 연산이다. 그러나 진화 단계가 멀리 떨어진 경우 단백질 일차 구조는 보존되지 않기 때문에 단백질의 공간적 구조에 대한 유사 검색을 통해서만 진화 단계를 유추할 수 있다. 따라서 본 논문에서는 단백질의 공간적 구조를 표현하는 단백질 이차 구조를 대상으로 하여 RDBMS상에 쉽게 구현이 가능한 인덱싱 방안을 제안한다. 제안된 인덱싱 방안은 클러스터링 기법과 LookAhead 개념을 활용하여 Exact Match, Range Match, Wildcard Match 질의를 신속하게 처리한다. 제안된 방법의 우수성을 검증하기 위하여 실제의 단백질 데이타를 대상으로 성능 평가를 수행하였다. 실험 결과에 의하면, 제안된 방법은 기존의 방법과 비교하여 Exact Match의 경우 6.3배까지, Range Match의 경우 3.3배까지, Wildcard Match의 경우 1.5배까지의 개선된 검색 성능을 가지는 것으로 나타났다.
#인덱싱 기법 #단백질 이차 구조 #유사 검색 #Indexing method #Secondary structure of proteins #Approximate searching

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 관련 연구
3. 세그먼트 테이블과 클러스터 세그먼트 테이블
4. 질의처리
5. 성능 평가
6. 결론
참고문헌
저자소개

참고문헌 (19)

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[학술지(정기간행물)] - / 1994 / Molecular Biology of the Cell google schola [학술지(정기간행물)] - / 1997 / A New Generation of Protein Database Search Programs 25 (17) : 3389 ~ 3402 google schola [학술지(정기간행물)] - / 1990 / Basic Local Alignment Search Tool : 403 ~ 410 google schola [학술지(정기간행물)] - / 2003 / An Efficient Index-based Protein Structure Database Searching Method : 311 ~ 318 google schola [학술지(정기간행물)] - / 2002 / Searching on the Secondary Structure of Protein Sequence : 634 ~ 645 google schola

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