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저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 데이타베이스 정보과학회논문지 : 데이타베이스 제32권 제3호
발행연도
2005.6
수록면
263 - 275 (13page)

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대규모 DNA 데이타베이스를 대상으로 원하는 서열을 빠르게 검색하기 위해 인덱싱 기법을 많이 사용하고 있다. 그러나 대부분의 인덱싱 기법은 원래 데이타베이스보다 더 큰 저장공간을 사용하고 DBMS와의 밀 결합이 어렵다는 문제점을 가지고 있다. 본 논문에서는 완전 매치, 와일드카드 매치, k-미스매치와 같은 근사 매치 질의 처리를 위해 작은 공간을 사용하는 디스크 기반의 효율적인 인덱싱 기법과 질의 처리 기법을 제안한다. 인덱싱을 위해서 DNA 염기서열에 일정 크기의 슬라이딩 윈도우를 위치시킨 후, 윈도우 내에서 각 문자의 출현 빈도를 이용해 서명을 추출해서 R*-트리와 같은 다차원 공간 인덱스에 저장한다. 특히 윈도우 내의 각 위치에 따라서 가중치를 줌으로써 서명들이 인덱스 공간에 집중되는 현상을 억제한다. 제안된 질의 처리방법은 질의 시퀀스를 다차원 사각형으로 변환하고 그 사각형과 중첩되는 서명들을 인덱스로부터 찾아낸다. 제안된 방법을 실제 생물학자들이 사용하는 데이타를 이용해 실험한 결과 서픽스 트리 기반의 방법에 비해서 완전 매치인 경우 3배 이상, 와일드카드 매치인 경우 2배 이상, k-미스매치인 경우 수십 배 이상의 성능향상을 보였다.

목차

요약

Abstract

1. 서론

2. 문제 정의

3. 관련 연구

4. BSI(Basic Signature Index)

5. WSI(Weighted Signature Index)

6. 성능 평가

7. 결론

참고문헌

부록

저자소개

참고문헌 (17)

참고문헌 신청
, 2001 , Developing Bioinformatics Computer Skills google schola , 2001 , Bioinformatics-Sequence and Genome Analysis google schola , 195-1971981 , Identification of common molecular subsequences Journal of Molecular Biology google schola , 1990 , Journal of Molecular Biology : 403 ~ 410 google schola , 1997 , Gapped BLAST and PSI-BLAST-A new generation of protein database search programs 25 (17) google schola

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