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저자정보
Lee Cho-Rong (Seoul National University College of Medicine) Suh Jungyo (Seoul National University College of Medicine) Jang Dongjun (Seoul National University College of Medicine) Jin Bo-Yeong (Seoul National University College of Medicine) Cho Jaeso (Seoul National University College of Medicine) Lee Moses (Seoul National University College of Medicine) Sim Hyungtai (Seoul National University College of Medicine) Kang Minyong (Seoul National University College of Medicine) Lee Jueun (Korea Basic Science Institute) Park Ju Hyun (Seoul National University College of Medicine) Lee Kyoung-Hwa (Seoul National University College of Medicine) Hwang Geum-Sook (Korea Basic Science Institute) Moon Kyung Chul (Seoul National University College of Medicine) Song Cheryn (University of Ulsan College of Medicine) Ku Ja Hyeon (Seoul National University College of Medicine) Kwak Cheol (Seoul National University College of Medicine) Kim Hyeon Hoe (Seoul National University College of Medicine) Cho Sung-Yup (Seoul National University College of Medicine) Choi Murim (Seoul National University College of Medicine) Jeong Chang Wook (Seoul National University College of Medicine)
저널정보
대한생화학·분자생물학회 Experimental and Molecular Medicine Experimental and Molecular Medicine Vol.56
발행연도
2024.8
수록면
1,807 - 1,815 (9page)
DOI
10.1038/s12276-024-01291-2

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TFE3-rearranged renal cell cancer (tRCC) is a rare form of RCC that involves chromosomal translocation of the Xp11.2 TFE3 gene. Despite its early onset and poor prognosis, the molecular mechanisms of the pathogenesis of tRCC remain elusive. This study aimed to identify novel therapeutic targets for patients with primary and recurrent tRCC. We collected 19 TFE3-positive RCC tissues that were diagnosed by immunohistochemistry and subjected them to genetic characterization to examine their genomic and transcriptomic features. Tumor-specific signatures were extracted using whole exome sequencing (WES) and RNA sequencing (RNA-seq) data, and the functional consequences were analyzed in a cell line with TFE3 translocation. Both a low burden of somatic single nucleotide variants (SNVs) and a positive correlation between the number of somatic variants and age of onset were observed. Transcriptome analysis revealed that four samples (21.1%) lacked the expected fusion event and clustered with the genomic profiles of clear cell RCC (ccRCC) tissues. The fusion event also demonstrated an enrichment of upregulated genes associated with mitochondrial respiration compared with ccRCC expression profiles. Comparison of the RNA expression profile with the TFE3 ChIP-seq pattern data indicated that PPARGC1A is a metabolic regulator of the oncogenic process. Cell proliferation was reduced when PPARGC1A and its related metabolic pathways were repressed by its inhibitor SR-18292. In conclusion, we demonstrate that PPARGC1A-mediated mitochondrial respiration can be considered a potential therapeutic target in tRCC. This study identifies an uncharacterized genetic profile of an RCC subtype with unique clinical features and provides therapeutic options specific to tRCC.

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