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자료유형
학술저널
저자정보
Kim Hyaekang (Bioresources Collection and Research Division, Bioresources Collection and Bioinformation Department, Nakdonggang National Institute of Biological Resources (NNIBR), Sangju, Korea) Kim Han-Sung (Department of Laboratory Medicine, Hallym University College of Medicine, Seoul, Korea) Kim Hyun Soo (Department of Laboratory Medicine, Hallym University College of Medicine, Seoul, Korea) Song Wonkeun (Department of Laboratory Medicine, Hallym University College of Medicine, Seoul, Korea) Kim Jae-Seok (Department of Laboratory Medicine, Hallym University College of Medicine, Seoul, Korea)
저널정보
대한진단검사의학회 Annals of Laboratory Medicine Annals of Laboratory Medicine 제44권 제1호
발행연도
2024.1
수록면
47 - 55 (9page)
DOI
10.3343/alm.2024.44.1.47

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Background: Staphylococcal cassette chromosome mec type V (SCCmec V) methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) has been recovered from patients and livestock. Using comparative genomic analyses, we evaluated the phylogenetic emergence of SCCmec V after transmission from overseas donor strains to Korean recipient strains. Methods: Sixty-three complete MRSA SCCmec V genomes (including six Korean clinical isolates) were used to construct a phylogenetic tree. Single-nucleotide polymorphisms were identified using Snippy, and a maximum-likelihood-based phylogenetic tree was constructed using RAxML. The possible emergence of the most common ancestor was estimated using BactDating. To estimate mecA horizontal gene transfer (HGT) events, Ranger-dtl was applied to 818 SCCmec V strains using publicly available whole-genome data. Results: The phylogenetic tree showed five major clades. German strains formed a major clade; their possible origin was traced to the 1980s. The emergence of Korean SCCmec V clinical isolates was traced to 2000–2010. mecA HGT events in Staphylococcus spp. were identified in seven strains. P7 (Hong Kong outbreak strain) served as the donor strain for two Korean sequence type (ST) 59 strains, whereas the other five recipient strains emerged from different SCCmec V donors. Conclusions: Most Korean SCCmec V strains may have emerged during 2000–2010. A unique MRSA SCCmec V strain, ST72 (a Korean common type of community-associated MRSA), was also identified. The genomic dynamics of this clone with a zoonotic background should be monitored to accurately understand MRSA evolution.
#Clades #Comparative genomic analysis #Donor–recipient #Horizontal gene transfer #Korea #Methicillin #One Health #Phylogeny #SCCmec V #Staphylococcus #Whole genome sequence

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