차나무에서 RNA 서열분석에 의한 SSR 표지 탐색 및 기초 유전자 지도 작성

김주영; 오은의; 이소진; 문두경; 김호경; 송관정

doi:https://doi.org/10.29225/jkts.2021.27.3.44

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저자정보: 김주영 (제주대학교 생물산업학부) 오은의 (제주대학교) 이소진 (농촌진흥청 국립원예특작과학원) 문두경 (농촌진흥청) 김호경 (㈜바이오메딕 생명과학연구소) 송관정 (제주대학교)

저널정보: 한국차학회 한국차학회지 한국차학회지 제27권 제3호

발행연도: 2021.9

수록면: 44 - 50 (7page)

DOI: https://doi.org/10.29225/jkts.2021.27.3.44

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본 연구는 국내 차나무 ‘금설’ 품종과 아샘 계통 ‘Ai37’ 간의 교배 분리집단에서 유전 분석을 위한 RNAseq SSR 탐색하고 기초 유전자 지도 작성을 통하여 분자표지 이용 선발 체계를 확립코자 수행되었다. 아샘 계통 ‘Ai 37’의 꽃과 신초로부터 전사체의 서열을 분석하고 ‘금설’의 전사체 분석 서열과 비교하여 1,800개의 다형성 SSR 를 탐색하고 226개의 SSR primers를 제작하였다. 양친과 6개의 교배실생에 대해 다형성 여부를 검정하여 96개primers를 선발하였다. 이를 양친과 66개체의 F1 집단에 확대 적용한 결과, SSR 표지의 명확한 분리를 확인할 수있는 primers는 최종 87개로 나타났다. 이들 SSR 증폭 및 유전자형의 분리 결과를 JoinMap 4.0 프로그램을 사용하여 연관분석을 수행하고, MapChat 2.32 프로그램으로 기초 유전자 지도를 작성하였다. 기초 유전자 지도는 총14개의 SSR 표지에 의한 5개 연관군으로 구성되었으며, 전체 유전적 거리는 167.0 cM이고, 표지 사이의 평균 거리는 11.9 cM이었다. 유전자 지도에 위치하는 SSR 표지의 대립 유전자의 수는 1~4개였고, 표지 당 평균 2.4개의대립유전자형을 나타내었다. 본 연구결과, RNA-seq 기반의 SSR 표지개발 및 유전분석은 RNA pool의 조성, 양친의 유전적 유사성 및 분리집단의 규모에 따라 영향받게 되며, 향후 포화도를 높이기 위한 전략과 추가적인 연구가 필요함을 확인할 수 있었다.

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참고문헌 (17)

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Meegahakumbura MK / 2016 / Indications for three independent domestication events for the tea plant (Camellia sinensis (L.) O. Kuntze) and new insights into the origin of tea germplasm in China and India revealed by nuclear microsatellites / PloS One 11(5):e0155369

Meegahakumbura MK / 2018 / Domestication origin and breeding history of the tea plant (Camellia sinensis) in China and India based on nuclear microsatellites and cpDNA sequence data / Front. Plant Sci 8:2270

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Food and Agriculture Organization of the United Nations / 2020 / FAOSTAT database collections

Chen L / 2000 / Discussion on phylogenetic classification and evolution of sect / Thea. J. Tea Sci 20:89~94

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