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저자정보
Shin Hyoshim (Department of Laboratory Medicine Gyeongsang National University Hospital Jinju Korea) Takahashi Takashi (Laboratory of Infectious Diseases Graduate School of Infection Control Sciences & Kitasato Inst) Lee Seungjun (Department of Laboratory Medicine Gyeongsang National University Changwon Hospital Changwon Korea) Choi Eun Hwa (Department of Pediatrics Seoul National University College of Medicine Seoul Korea.Department of Pe) Maeda Takahiro (Laboratory of Infectious Diseases Graduate School of Infection Control Sciences & Kitasato Inst) Fukushima Yasuto (Laboratory of Infectious Diseases Graduate School of Infection Control Sciences) Kim Sunjoo (Department of Laboratory Medicine Gyeongsang National University Changwon Hospital Changwon KoreaDe)
저널정보
대한진단검사의학회 Annals of Laboratory Medicine Annals of Laboratory Medicine 제42권 제4호
발행연도
2022.7
수록면
438 - 446 (9page)
DOI
10.3343/alm.2022.42.4.438

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Background: Few studies have investigated the invasiveness of Streptococcus pyogenes based on whole-genome sequencing (WGS). Using WGS, we determined the genomic features associated with invasiveness of S. pyogenes strains in Korea. Methods: Forty-five S. pyogenes strains from 1997, 2006, and 2017, including common emm types, were selected from the repository at Gyeongsang National University Hospital in Korea. In addition, 48 S. pyogenes strains were randomly selected depending on their invasiveness between 1997 and 2017 to evaluate the genetic evolution and the associations between invasiveness and genetic profiles. Using WGS datasets, we conducted virulence-associated DNA sequence determination, emm genotyping, multi-locus sequence typing (MLST), and superantigen gene profiling. Results: In total, 87 strains were included in this study. There were no significant differences in the genomic features throughout the study periods. Four genes, csn1, ispE, nisK, and citC, were detected only in invasive strains. There was a significant association between invasiveness and emm cluster type A-C3, including, emm1.0, emm1.18, emm1.3, and emm1.76 (P<0.05). The predominant emm1 lineage belonged to ST28. There were no associations between invasiveness and superantigen gene profiles. Conclusions: This is the first study using WGS datasets of S. pyogenes strains collected between 1997 and 2017 in Korea. Streptococcal invasiveness is associated with the presence of csn1, ispE, nisK, and citC. The emm1 lineage and ST28 clone are explicitly associated with invasiveness, whereas genomic features remained stable over the 20-year period.
#Streptococcus pyogenes #Invasiveness #Whole genome sequencing

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