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많은 진핵생물의 telomere는 heterochromatin 구조로 이루어져 있고 telomere 근처의 유전자들은 telomeric heterochromatin의 퍼짐(spreading)에 의해 발현이 억제되는 telomere position effect (TPE)를 겪는다. Saccharomyces cerevisiae는 이질염색질과 TPE 연구에 좋은 모델 생물체로 사용되었다. 특히, ChrVII-L의 telomere에 uracil 생합성 유전자(URA3)를 삽입한 균주를 통해 TPE 조절단백질들을 screening하는 방법이 널리 사용되어왔다. 하지만, 균주를 새로 제작해야 하고, 이 reporter assay의 결과가 유효한지 추가적으로 확인해야하는 등의 번거로움이 있다. 이 연구를 통해 우리는 TPE의 영향으로 확실히 silencing 상태로 다양한 염색체의 subtelomere 부분에 존재하는 6개의 마커 유전자들을 소개한다. 기존에 사용되었던 ChrVII-L의 subtelomeric region에 삽입된 URA3 마커와 비교했을 때, 이 6개의 마커 유전자들은 여러 염색체의 subtelomeric region에 존재하기 때문에, 실시간 PCR를 통해서 잠재적인 TPE의 조절단백질이 subtelomere gene silencing을 조절하는지를 명확하게 해줄 것이다.
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참고문헌 (34)
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Aparicio OM, Billington BL, and Gottschling DE. 1991. Modifiers of position effect are shared between telomeric and silent matingtype loci in S. cerevisiae. Cell 66, 1279–1287.
Bi X. 2014. Heterochromatin structure: lessons from the budding yeast. IUBMB Life 66, 657–666.
Boeke JD, Trueheart J, Natsoulis G, and Fink GR. 1987. 5-Fluoroorotic acid as a selective agent in yeast molecular genetics. Methods Enzymol. 154, 164–175.
Bolger AM, Lohse M, and Usadel B. 2014. Trimmomatic: a flexible trimmer for illumina sequence data. Bioinformatics 30, 2114–2120.
Ellahi A, Thurtle DM, and Rine J. 2015. The chromatin and transcriptional landscape of native Saccharomyces cerevisiae telomeres and subtelomeric domains. Genetics 200, 505–521.
Bi X. 2014. Heterochromatin structure: lessons from the budding yeast. IUBMB Life 66, 657–666.
Boeke JD, Trueheart J, Natsoulis G, and Fink GR. 1987. 5-Fluoroorotic acid as a selective agent in yeast molecular genetics. Methods Enzymol. 154, 164–175.
Bolger AM, Lohse M, and Usadel B. 2014. Trimmomatic: a flexible trimmer for illumina sequence data. Bioinformatics 30, 2114–2120.
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