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저자정보
Shudong Liu (Shihezi University) Sangang He (Xinjiang Academy of Animal Science) Lei Chen (Xinjiang Academy of Animal Science) Wenrong Li (Xinjiang Academy of Animal Science) Jiang Di (Xinjiang Academy of Animal Sciences) Mingjun Liu (Xinjiang Academy of Animal Science)
저널정보
한국유전학회 Genes & Genomics Genes & Genomics Vol.39 No.7
발행연도
2017.1
수록면
733 - 745 (13page)

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Knowledge of linkage disequilibrium (LD) is important for effective genome-wide association studies and accurate genomic prediction. Chinese Merino (Xinjiang type) is well-known fine wool sheep breed. However, the extent of LD across the genome remains unexplored. In this study, we calculated autosomal LD based on genomewide SNPs of 635 Chinese Merino (Xinjiang type) sheep by Illumina Ovine SNP50 BeadChip. A moderate level of LD (r2 ≥ 0.25) across the whole genome was observed at short distances of 0–10 kb. Further, the ancestral effective population size (Ne) was analyzed by extent of LD and found that Ne increased with the increase of generations and declined rapidly within the most recent 50 generations, which is consistent with the history of Chinese Merino sheep breeding, initiated in 1971. We also noted that even when the effective population size was estimated across different single chromosomes, Ne only ranged from 140.36 to 183.33 at five generations in the past, exhibiting a rapid decrease compared with that at ten generations in the past. These results indicated that the genetic diversity in Chinese Merino sheep recently decreased and proper protective measures should be taken to maintain the diversity. Our datasets provided essential genetic information to track molecular variations which potentially contribute to phenotypic variation in Chinese Merino sheep.

목차

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참고문헌 (44)

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Al-Mamun HA / 2015 / Genome-wide linkage disequilibrium and genetic diversity in five populations of Australian domestic sheep / Genet Sel Evol 47:90 google schola Amaral AJ / 2008 / Linkage disequilibrium decay and haplotype block structure in the pig / Genetics 179:569~579 google schola Ardlie KG / 2002 / Patterns of linkage disequilibrium in the human genome / Nat Rev Genet 3:299~309 google schola Badke YM / 2012 / Estimation of linkage disequilibrium in four US pig breeds / BMC Genom 13:24 google schola Beynon SE / 2015 / Population structure and history of the Welsh sheep breeds determined by whole genome genotyping / BMC Genet 16:65 google schola

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