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저자정보
Ayele Mandefro (Addis Ababa Science and Technology University) Tesfaye Sisay (Addis Ababa University) Zewdu Edea (Chungbuk National University) Md. Rasel Uzzaman (Chungbuk National University Korea) Kwan Suk Kim (Chungbuk National University) Hailu Dadi (Addis Ababa Science and Technology University)
저널정보
한국축산학회(구 한국동물자원과학회) 한국축산학회지 한국축산학회지 제63권 제2호
발행연도
2021.1
수록면
248 - 261 (14page)

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Attributable to their major function in pathogen recognition, the use of bovine leukocyte antigens (BoLA) as disease markers in immunological traits in cattle is well established. However, limited report exists on polymorphism of the BoLA gene in zebu cattle breeds by high resolution typing methods. Thus, we used a polymerase chain reaction sequence-based typing (PCR-SBT) method to sequence exon 2 of the BoLA class II DRB3 gene from 100 animals (Boran, n = 13; Sheko, n = 20; Fogera, n = 16; Horro, n = 19), Hanwoo cattle (n = 18) and Bangladesh Red Chittagong zebu (n = 14). Out of the 59 detected alleles, 43 were already deposited under the Immuno Polymorphism Database for major histocompatibility complex (IPD-MHC) while 16 were unique to this study. Assessment of the level of genetic variability at the population and sequence levels with genetic distance in the breeds considered in this study showed that Zebu breeds had a gene diversity score greater than 0.752, nucleotide diversity score greater than 0.152, and mean number of pairwise differences higher than 14, being very comparable to those investigated for other cattle breeds. Regarding neutrality tests analyzed, we investigated that all the breeds except Hanwoo had an excess number of alleles and could be expected from a recent population expansion or genetic hitchhiking. Howbeit, the observed heterozygosity was not significantly (p < 0.05) higher than the expected heterozygosity. The Hardy Weinberg equilibrium (HWE) analysis revealed non-significant excess of heterozygote animals, indicative of plausible over-dominant selection. The pairwise FST values suggested a low genetic variation among all the breeds (FST = 0.056; p < 0.05), besides the rooting from the evolutionary or domestication history of the cattle. No detached clade was observed in the evolutionary divergence study of the BoLA-DRB3 gene, inferred from the phylogenetic tree based on the maximum likelihood model. The investigation herein indicated the clear differences in BoLA-DRB3 gene variability between African and Asian cattle breeds.
#BoLA-DRB3 #Cattle breeds #Sequence based typing (SBT) #Genetic diversity #Alleles

목차

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참고문헌 (49)

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L. ANDERSSON / 1986 / Genomic hybridization of bovine class II major histocompatibility genes: 2. Polymorphism of DR genes and linkage disequilibrium in the DQ-DR region / Animal Genetics 17(2):295~304 Crossref M. A. M. GROENEN / 1989 / Cloning of the bovine major histocompatibility complex class II genes / Animal Genetics 20(4):267~278 Crossref Groenen MAM / 1990 / The nucleotide sequence of bovine MHC class II DQB and DRB genes / Immunogenetics 31:37~44 Crossref Michel David Bohórquez / 2020 / Major Histocompatibility Complex Class II (DRB3) Genetic Diversity in Spanish Morucha and Colombian Normande Cattle Compared to Taurine and Zebu Populations / Frontiers in Genetics 10:1293 Crossref Phillips KP / 2018 / Immunogenetic novelty confers a selective advantage in host-pathogen coevolution / Proc Natl Acad Sci 115:1552~1557 Crossref

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