Method of DNA Extraction from Pinus rigida Wood Pretreated with Sandpaper

Lee, Jamin; Kim, Tae-Jong

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자료유형: 학술저널

저자정보: Lee, Jamin (Department of Forest Products and Biotechnology, Kookmin University) Kim, Tae-Jong (Department of Forest Products and Biotechnology, Kookmin University)

저널정보: 한국목재공학회 목재공학(Journal of the Korean Wood Science and Technology) 목재공학 제46권 제4호

발행연도: 2018.1

수록면: 402 - 414 (13page)

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Species identification of wood provides important information for archaeology, restoration of cultural assets, preventing illegal logging, and more. Wood species are usually identified based on their anatomical features with the use of a microscope. However, this method may not be able to distinguish between anatomically similar species or subspecies. To overcome this problem, wood species need to be identified at the molecular level using DNA sequencing. However, unlike living plant cells, wood is difficult to pulverize using a mortar, and DNA extraction from dried wood is challenging. To solve these problems, we propose a pretreatment method in which wood is pulverized using 60-grit sandpaper and hydrated with water for 2 days. Using this method, we were able to stably amplify the rpoB gene from the extracted DNA of Pinus rigida. In addition, sequence analysis of the rpoB gene revealed six single nucleotide polymorphisms (SNPs), which classified the rpoB sequences in the genus Pinus into five groups. Our data indicate that although these SNPs were not suitable for species identification, they can potentially be used to determine the origin of different wood subspecies or individual samples of wood.

#species identification #sandpaper #hydration #rpoB #Pinus rigida

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Al-Qurainy, F. / 2011 / Molecular authentication of the medicinal herb Ruta graveolens (Rutaceae) and an adulterant using nuclear and chloroplast DNA markers / Genetics and Molecular Research 10(4):2806~2816

Bar, W. / 1988 / Postmortem stability of DNA / Forensic Science International 39(1):59~70

Budowle, B. / 2008 / Forensically relevant SNP classes / Biotechniques 44(5):603~608

Cano, R.J. / 1996 / Analysing ancient DNA / Endeavour 20(4):162~167

Degen, B. / 2013 / Verifying the geographic origin of mahogany (Swietenia macrophylla King) with DNA-fingerprints / Forensic Science International-Genetics 7(1):55~62

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이 논문의 저자 정보

Lee, Jamin

소속기관 Department of Forest Products and Biotechnology, Kookmin University

주요연구분야 농수해양학 > 임학

논문수 1 이용수 9

Kim, Tae-Jong

소속기관 Department of Forest Products and Biotechnology, Kookmin University

주요연구분야 농수해양학 > 임학 농수해양학 > 농학

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