Molecular Dynamics of the M intermediate of photoactive yellow protein in solution

Sakurai, Minoru; Shiozawa, Mariko; Arai, Shohei; Inoue, Yoshio; Kamiya, Narutoshi; Higo, Junichi

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자료유형: 학술저널

저자정보: Sakurai, Minoru (Department of Biomolecular Engineering, Tokyo Institute of Technology) Shiozawa, Mariko (Department of Biomolecular Engineering, Tokyo Institute of Technology) Arai, Shohei (Department of Biomolecular Engineering, Tokyo Institute of Technology) Inoue, Yoshio (Department of Biomolecular Engineering, Tokyo Institute of Technology) Kamiya, Narutoshi (Biomolecular Engineering Research Institute) Higo, Junichi (Laboratory of Bioinfomatics, School of Life Science, Tokyo University of Pharmacy)

저널정보: 한국광과학회 Journal of photoscience : an international journal officail organ of the korean society of photoscience Journal of photoscience : an international journal officail organ of the korean society of photoscience 제9권 제2호

발행연도: 2002.1

수록면: 134 - 137 (4page)

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PYP consists of a water-soluble apoprotein and 4-hydroxycinnamyl chromophore bound to Cys69 via thiolester linkage, Upon absorption of a photon, the photocycle is initiated, leading to formation of several photo-intermediates. Among them, M intermediate is important to understand the signal transduction mechanism of PYP, because it is a putative signaling state. As well known, the dynamics of a protein is closely correlated with the occurrence of its function. Here we report the results of IO ns molecular dynamics (MD) simulation for the M intermediate in aqueous solution and discuss the characteristic feature of this state from a viewpoint of structural fluctuation.

#photoactive yellow protein #molecular dynamics simulation #water #hydrogen bond #intermediate

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Sakurai, Minoru

소속기관 Department of Biomolecular Engineering, Tokyo Institute of Technology

주요연구분야 자연과학 > 물리학

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Shiozawa, Mariko

소속기관 Department of Biomolecular Engineering, Tokyo Institute of Technology

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Arai, Shohei

소속기관 Department of Biomolecular Engineering, Tokyo Institute of Technology

주요연구분야 자연과학 > 물리학

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Inoue, Yoshio

소속기관 Department of Biomolecular Engineering, Tokyo Institute of Technology

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Kamiya, Narutoshi

소속기관 Biomolecular Engineering Research Institute

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Higo, Junichi

소속기관 Laboratory of Bioinfomatics, School of Life Science, Tokyo University of Pharmacy

주요연구분야 자연과학 > 물리학

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