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Van Binh Nguyen (Seoul National University) Vo Ngoc Linh Giang (Seoul National University) Nomar Espinosa Waminal (Seoul National University) Hyun-Seung Park (Seoul National University) Nam-Hoon Kim (Seoul National University) Woojong Jang (Seoul National University) Junki Lee (Seoul National University) Tae-Jin Yang (Seoul National University)
저널정보
고려인삼학회 Journal of Ginseng Research Journal of Ginseng Research Vol.44 No.1
발행연도
2020.1
수록면
135 - 144 (10page)

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Background: Panax species are important herbal medicinal plants in the Araliaceae family. Recently, we reported the complete chloroplast genomes and 45S nuclear ribosomal DNA sequences from seven Panax species, two (P. quinquefolius and P. trifolius) from North America and five (P. ginseng, P. notoginseng, P. japonicus, P. vietnamensis, and P. stipuleanatus) from Asia.
Methods: We conducted phylogenetic analysis of these chloroplast sequences with 12 other Araliaceae species and comprehensive comparative analysis among the seven Panax whole chloroplast genomes.
Results: We identified 1,128 single nucleotide polymorphisms (SNP) in coding gene sequences, distributed among 72 of the 79 protein-coding genes in the chloroplast genomes of the seven Panax species. The other seven genes (including psaJ, psbN, rpl23, psbF, psbL, rps18, and rps7) were identical among the Panax species. We also discovered that 12 large chloroplast genome fragments were transferred into the mitochondrial genome based on sharing of more than 90% sequence similarity. The total size of transferred fragments was 60,331 bp, corresponding to approximately 38.6% of chloroplast genome. We developed 18 SNP markers from the chloroplast genic coding sequence regions that were not similar to regions in the mitochondrial genome. These markers included two or three species-specific markers for each species and can be used to authenticate all the seven Panax species from the others.
Conclusion: The comparative analysis of chloroplast genomes from seven Panax species elucidated their genetic diversity and evolutionary relationships, and 18 species-specific markers were able to discriminate among these species, thereby furthering efforts to protect the ginseng industry from economically motivated adulteration.
#Araliaceae evolution #Chloroplast genome #dCAPS markers #Ginseng authentication #Panax species

목차

ABSTRACT
Introduction
Materials and methods
Results
Discussion
References

참고문헌 (53)

참고문헌 신청
Radad K / 2006 / Use of ginseng in medicine with emphasis on neurodegenerative disorders / J Pharmacol Sci 100:175~186 google schola 조익현 / 2012 / Effects of Panax ginseng in Neurodegenerative Diseases / Journal of Ginseng Research 36(4):342~353 google schola Zheng SD / 2012 / Roles and mechanisms of ginseng in protecting heart / Chin J Integr Med 18:548~555 google schola Xie JT / 2005 / Anti-diabetic effect of ginsenoside Re in ob/ob mice / Biochim Biophys Acta 1740:319~325 google schola Jung HJ / 2012 / Enhancement of anti-inflammatory and antinociceptive actions of red ginseng extract by fermentation / J Pharm Pharmacol 64:756~762 google schola

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