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저자정보
저널정보
한국미생물생명공학회 Journal of Microbiology and Biotechnology Journal of Microbiology and Biotechnology 제16권 제10호
발행연도
2006.1
수록면
1,561 - 1,569 (9page)

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Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)is one of the most frequently used methods for analysis of soilmicrobial comunity structure. Unbiased PCR amplificationof target DNA templates is crucial for efficient detection ofmultiple microbial populations mixed in soil. In this study,DGE profiles were compared using diferent pairs ofprimers targeting diferent hypervariable regions of thirteen1392r) for the E. coli numbering 1,071-1,391 region couldnot resolve all the 16S rDNA fragments of the representativebacteria and clones, and moreover, yielded spurious bands inDGGE profiles. For the E. coli numbering 353-514 region,various forward primers were designed to investigate theefficiency of PCR amplification. A degenerate forward primer(F357IW) often yielded multiple bands for a certain single16S rDNA fragment in DGGE analysis, whereas nondegenerateof the fragments in the mixture acording to the position andthe number of primer-template mismatches. A forward primer(F352T) designed to have one internal mismatch commonlywith all the thirteen 16S rDNA fragments efficiently producedand separated all the target DNA bands with similar intensitiesin the DGGE profiles. This primer set F352T-519r consistentlyyielded the best DGGE banding profiles when tested withvarious soil samples. Touchdown PCR intensified the unevenamplification, and lowering the annealing temperature had nosignificant effect on the DGGE profiles. These results showedproperly designing primers for use in fingerprinting soil bacterialcomunities with the DGGE technique.
#PCR amplification bias #16S rDNA sequence #bacterial comunity structure #denaturing gradient gelelectrophoresisOne of the main research objectives in the study ofmicrobial ecology is to investigate the genetic and functionaldiversities of microbial c

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Ahn, J. H / / Analysis of bacterial diversity and community structure in forest soils contaminated with fuel hydrocarbon / J. Microbiol. Biotechnol. 16 : 704 ~ 715 google schola Ayyadevara, S / 2000 / Discrimination of primer 3'-nucleotide mismatch by Taq DNA polymerase during polymerase chain reaction / Anal. Biochem. 284 : 11 ~ 18 google schola Bakken, L. R / 1987 / The relationship between cell size and viability of soil bacteria / Microb. Ecol. 13 : 103 ~ 114 google schola CHO, WONSIL / 2005 / Bacterial Communities of Biofilms Sampled from Seepage Groundwater Contaminated with Petroleum Oil / Journal of Microbiology and Biotechnology 15 (5) : 9 google schola Cole, J. R / 2005 / The Ribosomal Database Project (RDP-II): Sequences and tools for high-throughput rRNA analysis / Nucleic Acids Res. 33 : 294 ~ 296 google schola

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