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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
저널정보
대한생화학·분자생물학회 Experimental and Molecular Medicine Experimental and Molecular Medicine 제38권 제6호
발행연도
2006.1
수록면
643 - 651 (9page)

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To investigate the genomic properties of HIV-1, we collected 3,081 sequences from the HIV Sequence Database. The sequences were categorized accor-ding to sampling region, country, year, subtype, gene name, and sequence and were saved in a database constructed for this study. The relative synonymous codon usage (RSCU) values of matrix, capsid, and gp120 and gp41 genes were calculated using correspondence analysis. The synonymous codon usage patterns based on the geographical regions of African countries showed broad distributions; when all the other regions, including Asia, Europe, and the Americas, were taken into account, the Asian countries tended to be divided into two groups. The sequences were clustered into nine non-CRF subtypes. Among these, subtype C showed the most distinct codon usage pattern. To determine why the codon usage patterns in Asian countries were divided into two groups for four target genes, the sequences of the isolates from the Asian countries were analyzed. As a result, the synonymous codon usage patterns among Asian countries were divided into two groups, the southern Asian countries and the being the most dominant subtype in southern Asia. In sumary, the synonymous codon usage patterns among the individual HIV-1 subtypes reflect genetic variations, and this bioinformatics technique may be useful in conjunction with phy-logenetic methods for predicting the evolutionary patterns of pandemic viruses.
#computational biology #genes #env #genes #gag #genomics #HIV-1 #sequence analysis #RNA

목차

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/ / Codon usage in regulatory genes in google schola / 1993;134 / Codon usage bias and base composi-tion of nuclear genes in drosophila : 847 ~ 58 google schola / 1998 / Codon Replicational and transcriptional se-lection on codon usage in Borrelia burgdorferi 95 : 10698 ~ 10703 google schola / 1998 / Multivariate Data Analysis, 5th Ed google schola / 2000 / AIDS as a zo-nosis: scientific and public health implications 287 : 607 ~ 614 google schola

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