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논문 기본 정보

자료유형
학술저널
저자정보
저널정보
대한생화학·분자생물학회 Experimental and Molecular Medicine Experimental and Molecular Medicine 제43권 제10호
발행연도
2011.1
수록면
587 - 595 (9page)

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We compared genetic variations in the VP1 gene of foot-and-mouth disease viruses (FMDVs) isolated since 2000 from various region of the world. We analyzed relative synonymous codon usage (RSCU) and phylogenetic relationship between geographical regions,and calculated the genetic substitution patterns between Korean isolate and those from other countries. We calculated the ratios of synonymously substituted codons (SSC) to all observed substitutions and developed a new analytical parameter,EMC (the ratio of exact matching codons within each synonymous substitution group) to investigate more detailed substitution patterns within each synonymous codon group. We observed that FMDVs showed distinct RSCU patterns according to phylogenetic relationships in the same serotype (serotype O). Moreover,while the SSC and EMC values of FMDVs decreased according to phylogenetic distance, G + C composition at the third codon position was strictly conserved. Although there was little variation among the SSC values of 18 amino acids, more dynamic differences were observed in EMC values. The EMC values of 4- and 6-fold degenerate amino acids showed significantly lower values while most 2-fold degenerate amino acids showed no significant difference. Our findings suggest that different EMC patterns among the 18 amino acids might be an important factor in determining the direction of evolution in FMDV.
#amino acid substitution #codon #Fas East #foot-and-mouth disease virus #genetic variation

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참고문헌 (27)

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Basak S / 2006 / Temperature adaptation of synonymous codon usage in different functional categories of genes: a comparative study between homologous genes of Methanococcus j google schola Bonhoeffer S / 1995 / Causes of HIV diversity / Nature 376 : 125 ~ google schola Brownlie J / 2001 / Strategic decisions to evaluate before implementing a vaccine programme in the face of a foot-and-mouth disease (FMD) outbreak / Vet Rec 148 : 358 ~ 360 google schola Domingo E / 2002 / Foot-and-mouth disease virus / Comp Immunol Microbiol Infect Dis 25 : 297 ~ 308 google schola FAO / / World Reference Laboratory for Foot-and-Mouth Disease google schola

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