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논문 기본 정보

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저자정보
저널정보
한국자료분석학회 Journal of The Korean Data Analysis Society Journal of The Korean Data Analysis Society 제9권 제3호
발행연도
2007.1
수록면
1,089 - 1,105 (17page)

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인간의 다양성은 인간 유전체에서 나타나는 변이, 특히 SNP에 의하여 나타난다. 이러한 다양성과 유전자간의 연관 연구는 인류가 겪고 있는 많은 유전성 질환들에 대한 예방과 치료를 위해서는 매우 중요한 것이다. 그러나, 이를 위해서는 장기간에 걸친 실험이 필요하기 때문에 시간적, 재정적 비용이 많이 요구된다. 이와 같은 이유로 인해 여러 연구자들은 컴퓨터를 이용하는 연관 연구를 시도해왔다. 그 중에 하나가 바로 유전자형(genotype) 데이터에서부터 일배체형(haplotype)을 재구성(reconstruction)하는 것이다. 본 논문에서는 대표적인 일배체형 재구성 시스템들에 대해서, 일배체형 재구성의 정확도, CPU처리시간, 데이터 처리량, 메모리 소비량에 초점을 맞추어 여러 실험을 수행하고 이에 대한 비교 분석 결과를 제시한다. 분석에 사용된 데이터는 Hudson의 ms 프로그램을 이용하여 생성한 인공 데이터 집합 9개와 Daly 등의 논문에서 제공한 129명의 실제 유전자형 데이터이다.
#생물정보학 #질병 연관 연구 #유전자형 #일배체형 #SNP. #Bioinformatics #disease association study #genotype #haplotype #SNP.

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참고문헌 (17)

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Bell, J. I. / 2002 / Single nucleotide polymorphisms and disease gene mapping / Arthritis Research 4 : 273 ~ 278 google schola Clark, A. / 1990 / Inference of haplotypes from PCR-amplified samples of diploid populations / Molecular Biology and Evolution 7 (2) : 111 ~ 122 google schola Daly, M. J. / 2001 / High-resolution haplotype structure in the human genome / Nature Genetics 29 (2) : 151 ~ 158 google schola Eskin, E. / 2003 / Large scale reconstruction of haplotypes from genotype data / Proceedings of the seventh annual International Conference on Computational Molecular Biology RECOM google schola Gusfield, D. / 2002 / Haplotyping as Perfect Phylogeny: Conceptual Framework and Efficient Solutions / Proceedings of the 6th International Conference on Computational Biology REC google schola

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