배출권 거래제의 전면시행으로 인해 해당 기업들은 관련 거래의 회계 및 세무상 처리에 상당한 부담을 가지게 되었다. 이를 해소하기 위한 일환으로 일반기업회계기준에서 관련규정을 제정하였으며, 부가가치세법상 배출권에 대해 부가가치세를 면제하는 조항과 법인세법상 정부로부터 무상으로 할당받은 배출권의 취득가액을 영(0)원으로 본다는 조항을 신설하였다. 그러나 2015년 배출권 거래제 시행에 따라 급하게 제정한 부가가치세법과 법인세법상 조항만으로는 여전히 다양한 배출권 거래 관련 세무 문제를 해결하기에는 부족함이 많은 실정이다. 따라서 세무상 배출권 관련 규정이 보다 정비될 필요성이 제기되고 있다. 배출권 거래와 관련한 부가가치세 문제를 살펴보면, 현행 조세특례제한법 제106조 제1항 5호에 따라 2017년 12월 31일까지 공급한 배출권에 한하여 부가가치세가 면제되고 있다. 이는 외국기업으로부터 배출권을 양수하는 경우 부가가치세가 부과되지 않는 반면, 국내기업으로부터 양수하는 경우에는 부가가치세가 과세되고 이는 면세사업자의 부담으로 귀결되어 배출권의 구매시 외국기업으로부터 구매하는 것을 선호하게 하는 현상이 나타날 수 있다는 점 때문이다. 그러나 이러한 문제는 배출권에만 국한 되는 것이 아니라 면세사업자의 다른 재화 구매시에도 동일하게 발생한다. 탄소배출권거래제의 도입목적 등을 고려할 때 제도시행 초기에는 일정한 세제상 배려가 필요할 수도 있다고 할 것이나, 면세대상 재화나 용역이 기본적으로 기초생활필수품 및 용역이나 국민후생관련 재화 및 용역, 문화관련 재화 및 용역 등인 점에 비추어 볼 때 배출권을 부가가치세 면제대상으로 계속 두는 것은 과세체계상 바람직하다고 할 수 없을 것이다. 더구나 배출권에 대한 세계각국의 부가가치세 과세체계가 상이한 상황에서 우리나라의 배출권에 대한 부가가치세 면제제도는 조세회피나 부정에도 악용될 여지가 있다. 따라서 부가가치세 과세체계를 고려할 때 배출권에 대한 면세는 제도 도입초기에 한정해 제한적으로 실시하고 2018년 이후에는 배출권에 대해 정상적인 과세를 하되, 다국 간 거래를 통해 배출권 관련 부가가치세 부정사건이 일어나지 않도록 제도를 정비하는 것이 바람직하다고 할 것이다. 배출권 거래와 관련한 법인세법상 문제로는 온실가스 배출의 감축여부가 확인되지 않은 상태에서 무상할당 배출권을 매각한 경우에도 동일하게 양도가 이루어진 사업연도의 익금으로 산입할 것인지에 대해 추가적인 검토가 필요하다는 점이다. 현행 제도에 의하면 배출권은 3년마다 할당이 되고 있으므로 이연수익이 계상될 가능성이 크다. 따라서 온실가스 배출권제 도입에 따른 기업의 부담을 경감한다는 취지에서 일반기업회계기준과 동일하게 법인세법상에서도 이연수익을 인식하는 개정이 필요하다고 할 것이다. 배출권 보유자에 대한 과세문제와 관련하여 국제적으로 이중과세(double taxation) 내지 이중비과세(double non-taxation) 문제가 발생할 여지가 있으므로 이에 대한 보완이 필요하다. 마지막으로 배출권거래소의 해외 거래소 연계 내지 통합 운영에 대비한 법령의 정비가 필요하다. 배출권 거래제의 안정적인 정착을 위하여 온실가스 배출권의 할당 및 거래에 관한 법과 동법 시행령에서 2020년까지 해외시장과의 연계를 금지하고 있으나, 2020년 이후는 온실가스 감축과 관련한 규제가 전 세계적으로 시행될 가능성이 크고 탄소시장 등도 글로벌 시장으로 형성될 움직임을 보이고 있기에, 해외시장과 연계 내지 통합 운영시의 과세상 문제점 등을 살펴보고 이에 대한 대책을 마련하는 것은 반드시 필요하다 할 것이다.
As a result of the full enforcement of the emissions trading system, related firms become considerable burdens on the accounting and tax treatment of related transactions. As a part of resolving this, the provision related to Korean generally accepted accounting principles was established and the provision to exempt the value-added tax on the emission rights under the VAT law and the provision to see the value of emission credits allocated free of charge by the government as zero (0) source in accordance with the corporate tax law have established a provision. Due to the enforcement of the emissions trading system in 2015, however, there are still many shortcomings to solve the tax issues related to various emissions trading, merely by related provisions established in a hurry. Therefore, the necessity to further improve emission-related regulations on taxation has been raised. Looking at the issue of value added tax related to emissions trading, only the emission rights that were supplied by December 31, 2017 based on Article 106, paragraph 1, item 5 of the existing Tax Reduction and Exemption Control Act are exempted. This is because VAT is not imposed when receiving from a foreign company, whereas if it is correct from a domestic company, a VAT is imposed, resulting in a burden of tax exempt business. In purchasing emissions credits, a phenomenon that makes you prefer to purchase from a foreign company can occur. However, these problems are not limited to emissions credits, but occur in the same way even with other goods purchases by duty-free businesses. Considering the purpose of introduction of the carbon emissions trading system, it can be assumed that certain tax considerations may be required at the beginning of the system implementation, but it will be impossible for the taxation system to keep emission credits subject to VAT exemption because the tax exempted items and services are basically basic necessities and basic goods or national welfare-related products and services, or cultural related goods and utilities. Also, in the situation where the taxation systems of value-added taxes of countries around the world vary, there is room for misuse of tax avoidance and fraud in the VAT exemption system of Korea"s emission rights. Therefore, considering the taxation system of VAT, it imposes restrictions only in the early stage of introducing the emission exemption system of emission credits, and after 2018, ordinary taxation is imposed on emission rights. It is desirable to develop a system that prevents VAT related fraud cases through multilateral transactions related to emission credits. In the case of a problem related to the corporate tax law related to emission trading, we have to consider that the profit for the fiscal year in which the transfer was also made are included even if gratuitous allocation of emission credits is sold when it is not confirmed whether reduction of greenhouse gas emissions is to be carried out. The current system requires that emissions credits are allocated every three years and that there is a high possibility that deferred income will be recorded, therefore, it is necessary to revise the Corporate Tax Law to recognize deferred income in the same way as the generally accepted accounting principles in order to reduce the burden on the corporation in introducing the greenhouse gas emission allowance system. There is room for the possibility to arise double taxation or double non-taxation problem internationally, in connection with the problem of taxation on the emission right holder, so supplementation to this is necessary. Finally, it is necessary to develop legislation to prepare for cooperation of overseas exchanges or integrated management of emission exchanges. In order to secure the stable emissions trading system, the law on allocation and trading of greenhouse gas emission rights and transactions prohibits cooperation with overseas markets by 2020, but after 2020, regulations related to the reduction of greenhouse gases are likely to be implemented globally similarly in carbon markets, so it is necessary to prepare countermeasures at the time of cooperation or integrated operation with the overseas market.