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본 연구의 목적은 최근 외형상 많은 변화를 보여주고 있는 우리나라 국가혁신체제를 거버넌스의 관점에서 특징의 분석과 평가를 통하여 그 문제점과 향후 발전 방향을 제시하고자 하는 것이다. 본 연구에서 거버넌스적 관점은 국가혁신체제에서의 다양한 혁신주체들간의 조정과 참여메커니즘 분석에 초점을 두었다. 조정은 다시 수평적 조정과 수직적 조정메카니즘으로 구분하여 분석하였다. 모든 시대와 장소에 적용되는 보편적인 거버넌스는 존재하지 않으며, 각 사회적 맥락과 정책특성에 적합한 거버넌스의 이해와 도입이 필요하다. 거버넌스 관점에서의 국가혁신체제의 분석은 체제내 혁신주체들간의 조정과 참여메카니즘을 통한 전체의 조화를 어떻게 이룰 것인가가 중요하다. 따라서 국기혁신체제의 거버넌스에서도 정책만이 아니라 과학기술의 우선순위, 전략, 활동 및 결과를 결정하는 다양한 혁신주체들 사이의 상호작용에 초점을 두어야 한다. 우리나라의 국가혁신체제에서의 수평적 조정메카니즘은 조정기관의 역할 불명확성과 조정기관이 뒤섞여 있는 제도과잉과 과잉조정이 문제이며, 지나치게 복잡한 상위지배구조로 실질적인 조정효과가 높지 않고, 연구현장의 자율성 침해와 거래비용의 과다 등의 문제점이 있다. 수직적 조정메커니즘은 최근 연구회와 연구개발사업 구조개편 등으로 변화를 시도하고 있으나 연구수행주체들이 정부부처로부터 직접적인 감독통제를 받는 경영지배구조하에 있으며, 특히 출연연구기관들의 경우는 매우 다중인 평가 및 감독구조를 가지고 있어 연구의 창의성과 자율성을 저해하고 있는 것으로 나타났다. 참여메카니즘에 있어서의 문제는 과학기술정책과정에 정부, 과학기술인, 시민 모두가 참여하는 구조가 제도화되어 있지 못하고, 시민단체의 전문성 결여 등의 문제점이 있다.
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