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저자정보
Subin Im (Chungnam National University) Sung-Ho Lee (Chungnam National University) Yoon-Young Kim (Chungnam National University) Ju-Sang Kim (Chungnam National University) Dasom Kim (Chungnam National University) Yong Pyo Lim (Chungnam National University)
저널정보
충남대학교 농업과학연구소 Korean Journal of Agricultural Science Korean Journal of Agricultural Science Vol.43 No.1
발행연도
2016.3
수록면
33 - 39 (7page)

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Brassicaceae consists of important species that have significant amounts of metabolites, and many studies have been carried out in order to understand the mechanism that improves the content of these metabolites. In Brassicacea, Cardamine manshurica Nakai is one of the important edible plants and is rich in oil, fiber, and various nutrients. In this study, we constructed cDNA library using leaves from 4 week-old plants and analyzed the ESTs of C. manshurica Nakai. One thousand thirty-nine ESTs were discovered which assembled to form 468 unigenes. The latter contained 116 contigs and 352 singletons. Similarity search of these ESTs with BLASTX revealed similarities with Arabidopsis thaliana 285 (31.9%), Arabidopsis lyrata 172 (19.3%), Capsella rubella 162 (18.1%), and Eutrema salsugineum 137 (15.3%). ESTs were functionally categorized into molecular function, biological process, and cellular component, and each category took 10.6%, 58.5%, and 30.9%, respectively. The functional analysis also found that 94.9% of ESTs showed at least one GO ID. Microsatellite analysis of 468 unigene sequences revealed 225 structures of which Di-, Tri-, Tetra-, Penta-repeats were 35.6% (80/225), 63.1% (142/225), 0.9% (2/225), and 0.4% (1/225), respectively. The results from our study can be a valuable resource for Cardamine research.
#brassicaceae #EST analysis #gene ontology #microsatellite #unigene

목차

Abstract
Introduction
Materials and Methods
Results and Discussion
References

참고문헌 (29)

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Al-Shehbaz IA, Aria K, Ohba H. 2006b. Cruciferae. In Flora of Japan. Vol. 2a. Iwatsuki K, Boufford DE, Ohba H (eds.).Kodansha Ltd., Tokyo. pp. 454-511. google schola Al-Shehbaz IA. 1988. The genera of Arabideae (Cruciferae; Brassicaceae) in the Southeastern United States, Journal ofthe Arnold Arboretum 69:85-166. google schola Al-Shehbaz IA, Beilstein MA, Kellogg EA, 2006a, Systematics and phylogeny of the Brassicaceae (Cruciferae): anoverview. Plant Systematics and Evolution 259:89-120. google schola Bae GH. 2000. The Medicinal Plants of Korea. Kyohaksa, Seoul pp. 187-191. google schola Bleeker W, Franzke A, Pollmann K, Brown AHD, Hurka H. 2002. Phylogeny and biogeography of Southern Hemispherehigh-mountain Cardamine species (Brassicaceae). Australian Systematic Botany 15:575-581. google schola

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