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저자정보
장진우 (한국폴리텍 바이오대학) 이현철 (디앤피바이오텍) 이명훈 (디앤피바이오텍) 최연식 (한국폴리텍 바이오대학) 추동원 (한국폴리텍 바이오대학) 박기정 (스몰소프트) 이대상 (한국폴리텍 바이오대학)
저널정보
한국생물공학회 KSBB Journal KSBB Journal 제24권 제4호
발행연도
2009.8
수록면
410 - 414 (5page)

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단염기 다양성 (Single-Nucleotide Polymorphisms, SNPs) 은 핵산수준에서의 개개인의 유전 서열간의 차이를 나타내는 말로 최근 맞춤의약 분야에서 각광 받고 있다. 일반적으로 NPs존재 유무를 확인하는데 주로 사용되는 방법은 ABI automated DNA sequencer와 같은 대용량 염기서열 결정 기계에서 산출되는 결과물 파일로부터 DNA서열을 추출하여 BLAST와 같은 상동성 검색을 수행하는 것이다. 본 논문에서는 사용자로부터 참조서열, AB1파일, SNPs 존재 가능성을 가진 염기의 위치 정보를 입력 값으로 받아 해당 위치에 존재하는 염기의 SNPs 치환 및 heterozygosity 여부를 확인 할 수 있는 프로그램인 SNPchaser를 개발하였다. 특정 유전자 서열 내에서 SNPs를 보이는 염기의 위치에 대한 정보를 사용자가 알고 있는 경우, 전체 유전자 서열에 대해 SNPs유무를 조사할 필요 없이 SNPs를 보인다고 보고된 위치의 염기를 조사하여 SNPs유무를 판단하고, 해당지역의 염기의 chromatogram정보를 사용자에게 제공하는 기능을 가지고 있다. 또한 SNPchaser는 사람과 같은 2배체의 염색체를 가진 생명체에 존재 하는 SNPs지역의 염기에 대한 heterozygosity여부를 사용자가 손쉽게 판별 할 수 있도록 하였다. 본 논문에서 개발한 SNPchaser는 http://www.bioinformatics.ac.kr/SNPchaser에서 사용 가능하다.
#AB1 #Alignment #Chromatogram #Heterozygosity #Sequence #SNPs

목차

Abstract
서론
재료 및 방법
결과 및 고찰
요약
REFERENCES

참고문헌 (10)

참고문헌 신청
1. [학술지(정기간행물)] - Kenneth, M. W. / 2000 / How many diseases does it take to map a gene with SNPs / Nature Genetics 26 : 151 ~ 157 google schola 2. [학술지(정기간행물)] - Jakobsson, M. / 2008 / Integrated genotype calling and association analysis of SNPs, common copy number polymorphisms and rare CNVs / Nature Genetics 40 : 1253 ~ 1260 google schola 3. [학술지(정기간행물)] - 조영훈 / 2008 / 핵산증폭용 특정 길이의 Primer 검색 프로그램 / 미생물학회지 44 (2) : 164 ~ 167 dbpia 4. [학술지(정기간행물)] - Matsuzaki, H. / 2004 / Genotyping over 100,000 SNPs on a pair of oligonucleotide arrays / Nature Methods 1 : 109 ~ 111 google schola 5. [인터넷자원] - / / http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ google schola

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