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논문 기본 정보

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학술저널
저자정보
원정임 (한림대학교) 홍상균 (한림대학교) 공진화 (한림대학교) 허선 (한림대학교) 윤지희 (한림대학교)
저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 데이타베이스 정보과학회논문지 : 데이타베이스 제40권 제1호
발행연도
2013.2
수록면
26 - 35 (10page)

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이 논문의 연구 히스토리 (2)

2013

NGS 데이터를 이용한 대용량 게놈의 디노버 어셈블리
원정임 ,  홍상균 ,  공진화 외 2명 정보과학회논문지 : 데이타베이스 2013.02 학술저널

2012

NGS 데이터를 이용한 대용량 게놈의 디노버 어셈블리
원정임 ,  홍상균 ,  공진화 외 2명 한국정보과학회 학술발표논문집 2012.06 학술대회자료

초록· 키워드

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디노버 어셈블리는 레퍼런스 시퀀스 없이 리드의 염기 서열 정보를 이용하여 원래의 전체 시퀀스(original sequence)로 추정되는 시퀀스로 리드들을 재구성하는 방식이다. 최근의 NGS(Next Generation Sequencing) 기술은 대용량 리드를 훨씬 쉽게 저비용으로 생성할 수 있다는 장점이 있어, 이를 이용한 많은 연구가 이루어지고 있다. 그러나 NGS 리드 데이터를 이용한 디노버 어셈블리에 관한 연구는 국내외적으로 매우 미흡한 실정이다. 그 이유는 NGS 리드 데이터를 이용하여 디노버 어셈블리를 수행하는 경우 대용량 데이터, 복잡한 데이터 구조 및 처리 과정 등으로 인하여 매우 많은 시간과 공간이 소요될 뿐만 아니라 아직까지 다양한 분석 툴과 분석 노하우 등이 충분히 개발되어 있지 않기 때문이다. 본 연구에서는 NGS 리드 데이터를 이용한 대용량 게놈의 디노버 어셈블리를 위한 분석 방법론에 대하여 논하고, 다양한 실험과 분석을 통하여 디노버 어셈블리의 실효성과 정확성을 검증한다. 또한 디노버 어셈블리의 처리 시간 및 공간 오버헤드를 해결하기 위하여 유사 종과의 리드 정렬 결과를 활용하는 방안과 어셈블리 결과의 정확성과 효율성을 향상시키기 위하여 두 개의 서로 다른 디노버 어셈블리 알고리즘을 접목하는 하이브리드 디노버 어셈블리 기법을 제안한다.
#디노버 어셈블리 #리드 정렬 #NGS 기술 #시퀀싱 #De novo assembly #read alignment #NGS technology #sequencing

목차

요약
Abstract
1. 서론
2. 관련 연구
3. NGS 리드 데이터를 이용한 디노버 어셈블리
4. 결론
참고문헌

참고문헌 (28)

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1. [인터넷자원] - / / http://www.454.com google schola 2. [인터넷자원] - / / http://www.illumina.com google schola 3. [학술지(정기간행물)] - N. Cloonan / 2008 / Stem cell transcriptome profiling via massive-scale mRNA sequencing / Nature Methods 5 : 613 ~ 619 google schola 4. [학술지(정기간행물)] - M. L. Metzker / 2010 / Sequencing technologies-the next generation / Nature Genetics Reviews 11 : 31 ~ 46 google schola 5. [학술지(정기간행물)] - J. R. Miler / 2010 / Assembly alogrithms for next-generation sequencing data / Genomics 95 (6) : 315 ~ 327 google schola

이 논문의 저자 정보

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