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닭의 대사 생리에 대한 연구는 산업적 가치 및 생물학, 의학적으로도 매우 중요하다. 닭의 유전체 염기서열 분석 결과는 2004년에 처음 발표되었고, 이러한 유전체 정보를 바탕으로 유전형과 표현형의 상관관계를 분석하는 연구가 필요하다. 따라서 본 연구는 닭 유전체 정보를 바탕으로 대사 경로를 재확립하고, 닭 특이 대사 경로?유전체 데이터베이스를 구축하였다. 이를 위해 Perl 언어를 기반으로 개발된 자동 파이프라인(pipeline)을 이용하여 여러 생물정보 데이터베이스에 산재해 있는 닭 유전체에 관한 정보를 통합한 닭 특이 통합 데이터베이스를 구축하였다. 또한, 구축된 닭 특이 통합 데이터베이스를기반으로PathoLogic 알고리즘을구현한Pathway Tools 소프트웨어를 이용하여 닭 특이 대사 경로를 재확립하였다. 결과적으로, 닭 유전체 Gallus_gallus-2.1에서 2,709개의 효소, 71개의 운반체(transporter)와 1,698개의 효소 반응, 8개의 운반 반응(transport reaction)이 도출되었다. 이를 통해 총 212개의 대사 경로가 재확립되었고, 1,360개의 화합물(compound)이 닭 특이 대사 데이터베이스에 포함되었다. 다른 종(사람, 생쥐, 소)과의 비교 분석을 통해 중요한 대사 경로가 닭 유전체에 보존되어 있음을 보였다. 또한, 닭 유전체의 assembly와 annotation의 질을 높이는 노력과 닭 및 조류에서 유전자 기능 및 대사 경로에 대한 연구가 필요한 것으로 나타났다. 결론적으로, 본 연구에서 재확립된 닭의 대사경로 및 데이터베이스는 닭 및 조류의 대사 연구뿐만 아니라 포유동물 및 미생물과의 비교 생물학적 접근을 통한 의학 및 생물학적 연구에 활용될 것으로 기대된다.
목차
ABSTRACT
서론
방법
결과 및 고찰
적요
사사
인용문헌
참고문헌 (17)
참고문헌 신청
1. [학술지(정기간행물)] - Apweiler R / 2010 / The Universal Protein resource (UniProt) in 2010 / Nucleic Acids Res 38 : 142 ~ 148
2. [학술지(정기간행물)] - Caspi R / 2006 / MetaCyc: A multiorganism database of metabolic pathways and enzymes / Nucleic Acids Res 34 : D511 ~ D516
3. [학술지(정기간행물)] - Choi C / 2007 / SYSTOMONAS - An integrated database for systems biology analysis of Pseudomonas / Nucleic Acids Res 35 : D533 ~ D537
4. [학술지(정기간행물)] - Durinck S / 2005 / BioMart and Bioconductor: A powerful link between biological databases and microarray data analysis / Bioinformatics 21 : 3439 ~ 3440
5. [학술지(정기간행물)] - Evsikov AV / 2009 / MouseCyc: A curated biochemical pathways database for the laboratory mouse / Genome Biol 10 : R84 ~
2. [학술지(정기간행물)] - Caspi R / 2006 / MetaCyc: A multiorganism database of metabolic pathways and enzymes / Nucleic Acids Res 34 : D511 ~ D516
3. [학술지(정기간행물)] - Choi C / 2007 / SYSTOMONAS - An integrated database for systems biology analysis of Pseudomonas / Nucleic Acids Res 35 : D533 ~ D537
4. [학술지(정기간행물)] - Durinck S / 2005 / BioMart and Bioconductor: A powerful link between biological databases and microarray data analysis / Bioinformatics 21 : 3439 ~ 3440
5. [학술지(정기간행물)] - Evsikov AV / 2009 / MouseCyc: A curated biochemical pathways database for the laboratory mouse / Genome Biol 10 : R84 ~
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