단백질 상호작용 네트워크에서 필수 단백질의 견고성 분석

류제운; 강태호; 유재수; 김학용

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자료유형: 학술저널

저자정보: 류제운 강태호 유재수 김학용

저널정보: 한국콘텐츠학회 한국콘텐츠학회논문지 한국콘텐츠학회논문지 제8권 제6호

발행연도: 2008.6

수록면: 74 - 81 (8page)

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단백질 상호작용 네트워크는 허브(hub)라 할 수 있는 상호작용 수가 많은 소수의 단백질과 상호작용 수가 적은 다수의 단백질들로 구성된다. 최근 들어 여러 연구들에서 허브 단백질이 비 허브(non-hub) 단백질보다 상호작용 네트워크에 필수적인 단백질일 가능성이 높다고 보고되고 있다. 이러한 현상을 중심-치명 룰(centrality-lethality rule)이라 하는데, 이는 복잡계 네트워크에서 허브단백질의 중요성 및 네트워크 구조의 중요성을 설명하기 위한 방법으로 폭넓게 신뢰받고 있다. 이에 본 논문에서는 중심-치명 룰이 항상 옳게 적용되는지를 확인하기 위해 Uetz, Ito, MIPS, DIP, SGD, BioGRID와 같은 효모에 관한 공개된 모든 단백질 상호작용 데이터베이스들을 분석하였다. 흥미롭게도, 상호작용 데이터가 적은 데이터베이스들(Uetz, Ito, DIP)에서는 중심-치명 룰을 잘 나타냈지만 상호작용 데이터가 대용량인 데이터베이스들 (SGD, BioGRID)에서는 중심-치명 룰이 잘 맞지 않음을 확인하였다. 이에 따라 SGD와 BioGRID 데이터 베이스로 부터 얻은 상호작용 네트워크의 특징을 분석하고 DIP 데이터베이스의 상호작용 네트워크와 비교하였다.

#단백질-단백질 상호작용 네트워크 #필수 단백질 #허브 단백질 #Protein-Protein Interaction Network #Essential Protein #Hub Protein

참고문헌 (17)

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1. [학술지(정기간행물)] - E. Ravasz / 2003 / Hierarchical organization in complex networks / Phys. Rev. E 67 (2) : 026122 ~ 0261228

2. [학술지(정기간행물)] - A. L. Barabasi / 2004 / Network biology: understanding the cell's functional organization / Nat. Rev. Genet 5 (2) : 101 ~ 113

3. [학술지(정기간행물)] - N. N. Batada / 2006 / Evolutionary and physiologucal important of hub proteins / Plos Comput. Biol 2 (7) : e88 ~

4. [학술지(정기간행물)] - H. Jeong / 2001 / Lethality and centrality in protein networks / Nature 411 (6833) : 41 ~ 42

5. [학술지(정기간행물)] - S. R. Proulx / 2007 / Direct selection on genetic robustness revealed in the yeast transcriptome / PLos ONE 2 (9) : e911 ~

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