보완된 카이-제곱 기법을 이용한 단백질 기능 예측 기법

강태호; 유재수; 김학용

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자료유형: 학술저널

저자정보: 강태호 유재수 김학용

저널정보: 한국콘텐츠학회 한국콘텐츠학회논문지 한국콘텐츠학회논문지 제9권 제5호

발행연도: 2009.5

수록면: 332 - 336 (5page)

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유전체 분석에서 중요한 부분 중 하나는 기능이 알려지지 않은 미지 단백질에 대한 기능 예측이다. 단백질-단백질 상호작용 네트워크를 분석하는 것은 미지 단백질에 대한 기능을 보다 쉽게 예측할 수 있게 한다. 단백질-단백질 상호작용 네트워크로부터 미지 단백질의 기능을 예측하기 위한 다양한 연구들이 시도 되어 왔다. 카이-제곱(Chi-square) 방식은 단백질-단백질 상호작용 네트워크를 통해 기능을 예측하고자 하는 연구 중 대표적인 방식이다. 하지만 카이-제곱 방식은 네트워크의 토폴로지를 반영하지 않아 네트워크 크기에 따라 예측의 정확성이 떨어지는 문제점이 있다. 따라서 본 논문에서는 카이-제곱 방식을 보완하여 정확성을 높인 새로운 기능 예측 방법을 제안한다. 이를 위해 MIPS, DIP 그리고 SGD와 같은 공개된 단백질 상호작용 데이터베이스들로부터 데이터를 수집하여 분석하였다. 그리고 제안된 방식의 우수성을 입증하기 위해 각 데이터베이스들에 대해 카이-제곱방식과 제안하는 보완된 카이-제곱(Modified Chi-square)방식으로 예측해보고 이들의 정확성을 평가하였다.

#단백질 기능예측 #단백질 상호작용 네트워크 #Protein Function Prediction #Protein-Protein Interaction Network

참고문헌 (10)

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1. [학술지(정기간행물)] - J. W. Ryu / 2007 / Prediction of Unannotated Proteins from Protein Interaction Network Filtered by Using Localization and Domains in Yeast / JKPS 51 (5)

2. [학술지(정기간행물)] - P. Holme / 2003 / Subnetwork Hierarchies of Biochemical Pathways / Bioinformatics 19 (4)

3. [학술지(정기간행물)] - X. He / 2006 / Why Do Hubs Tend to Be Essential in Protein Networks? / PLoS Genetics 2 (6)

4. [학술지(정기간행물)] - R. Aragues / 2007 / Characterization of Protein Hubs by Inferring Interacting Motifs from Protein Interactions / PLoS Comput. Biol. 3 (9)

5. [학술지(정기간행물)] - P. Uetz / 2001 / A Comprehensive Analysis of Protein-protein Interactions in Saccharomyces Cerevisiae / Nature 403 : 623 ~ 627

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소속기관 충북대학교 전기전자컴퓨터공학부

주요연구분야 공학 > 컴퓨터학 TOP 5% 복합학 > 학제간연구 TOP 0.5%

논문수 612 이용수 73,093

김학용

소속기관 충북대학교

주요연구분야 복합학 > 학제간연구 TOP 0.5% 공학 > 전기전자공학

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