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저널정보
Korean Institute of Information Scientists and Engineers 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 제11권 제2호
발행연도
2005.4
수록면
133 - 148 (16page)

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이 논문의 연구 히스토리 (10)

2005

PSAML을 이용한 단백질 구조 비교 시스템
김진홍 ,  안건태 ,  변상희 외 2명 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터 2005.04 학술저널

2004

PSAML과 Topology String 데이터베이스를 이용한 웹 기반 단백질 구조 비교 시스템
김진홍 ,  안건태 ,  변상희 외 2명 한국정보과학회 학술발표논문집 2004.04 학술대회자료

2003

Topology String을 이용한 단백질 구조 비교 방법
김진홍 ,  안건태 ,  이수현 외 1명 프로그래밍언어논문지 2003.11 학술저널
이차구조요소 기반의 부분구조 검색을 위한 단백질 구조 비교 시스템
김진홍 ,  안건태 ,  변상희 외 2명 한국정보과학회 학술발표논문집 2003.10 학술대회자료
SCOP 분류 정보를 활용한 단백질 구조 비교
김진홍 ,  안건태 ,  변상희 외 2명 프로그래밍언어논문지 2003.03 학술저널

2002

PSAML를 기반으로 한 단백질 구조 비교
김진홍 ,  안건태 ,  조민수 외 2명 프로그래밍언어논문지 2002.10 학술저널
단백질 이차 구조 기반의 단백질간 구조 비교
김진홍 ,  안건태 ,  이수현 외 1명 한국정보과학회 학술발표논문집 2002.10 학술대회자료
구조비교를 위한 단백질 데이터의 XML 표현기법
김진홍 ,  안건태 ,  이수현 외 1명 프로그래밍언어논문지 2002.06 학술저널
단백질 이차 구조에 기반을 둔 단백질 구조 정렬 방법
김진홍 ,  안건태 ,  윤형석 외 2명 한국정보과학회 학술발표논문집 2002.04 학술대회자료

2001

단백질 3차 구조의 추상적인 표현기법
김진홍 ,  안건태 ,  변경익 외 3명 한국정보과학회 학술발표논문집 2001.10 학술대회자료

초록· 키워드

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단백질 구조에 대한 유사성과 특이성에 대한 이해는 단백질의 기능을 파악하는데 있어 중요한 역할을 하고 있기 때문에, 많은 단백질 구조를 비교하는 시스템이 개발되고 있다. 그러나 이러한 시스템들은 단백질 구조 비교를 위한 자신의 알고리즘에 맞게 PDB에서 제공하는 데이타를 가공해야 한다. 더욱이 PDB 데이타베이스에 저장된 데이타가 증가함에 따라 대용량의 단백질 구조 데이타베이스를 대상으로 주어진 단백질과 유사한 부분구조를 찾는 시스템은 보다 많은 계산량이 필요하여진다.
본 논문에서는 XML 데이타베이스인 eXist를 이용하여 PSAML 문서를 제공하는 PSAML 데이타베이스에 기반을 둔 WS4E(A Web-Based Searching Substructures of Secondary Structure Elements) 단백질 구조 비교 시스템을 소개한다. PSAML(Protein Structure Abstraction Markup Language)은 XML 기반의 단백질 구조 표현 기법으로서 단백질의 2차구조 구성요소와 그들 사이의 관계를 이용하여 단백질 구조를 정형화된 방법으로 기술한다. 구축된 PSAML 데이타베이스를 이용하여, WS4E는 PSAML로 표현된 단백질 구조에서 유사한 부분 구조를 찾는 웹서비스를 제공한다. 또한, PSAML 데이타베이스에서 비교 대상이 되는 단백질의 숫자를 감소시키기 위하여, 단백질 2차구조가 가지는 공간상의 정보를 이용하여 하나의 단백질 구조를 표현하는 기법인 topology string을 이용하였다.

목차

요약

Abstract

1. 서론

2. 관련연구

3. PSAML을 이용한 단백질 구조 표현

4. Topology string을 이용한 단백질 구조 표현

5. 웹기반 단백질 구조 비교 시스템

6. WS4E 시스템의 실행 결과 및 분석

7. 결론

참고문헌

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