출자전환은 현행 기업구조조정 과정에서 유용하게 활용되고 있으나 채권이 주식으로 전환되는 과정에서 채무자에 대한 채무면제익 부분의 법인세 과세, 채권자에 대한 대손금 산입이나 대손세액 공제의 제한, 보증채무자에 대한 구상채권의 원칙적 손금 불산입, 과점주주에 대한 간주취득세나 제2차납세의무, 가업승계 주주에 대한 상증세 추징 등의 과세계기로 작용하고 있다. 그러나 출자전환의 성질에 비추어 주금납입 상계방식과 현물출자 방식을 구분하여 과세 여부를 결정할 필요가 있고, 정책적으로 채무자 등에게 기업구조조정을 적극적으로 지원하기 위해서는 출자전환에 대한 과세 역시 채무자, 채권자, 주주 등에게 혜택을 강화하는 쪽으로 개선하는 것이 필요하다.
출자전환은 회사의 자본을 증가시키는 자본거래의 성격을 띠고 있으면서 출자전환 후의 경제적 실질은 채무면제이익을 가져오는 손익거래의 성격을 띠고 있다고 볼 수 있다. 따라서 출자전환을 자본거래로 볼지 손익거래를 포함하는 혼합거래로 볼지 문제되고 있다. 이에 대해 현재까지는 출자전환의 방식이 현물출자인지 주금납입 상계방식인지 구분하지 않고 회계상 처리와 과세를 하고 있으나 두 가지 방식은 당사자의 의도와 출자전환의 절차에 차이가 있으므로, 회계상 처리와 과세에 있어 두 가지 경우를 구분해 바라볼 필요가 있다. 주금납입 상계방식의 출자전환은 채권자와 채무자가 채권과 신주를 등가로 교환하는 의도가 강하므로 자본거래의 성격만 있는 것으로 봄이 바람직하다. 반면, 현물출자방식의 출자전환의 경우, 검사인의 검사절차를 거치는 등 현물의 객관적 가치를 산정하여 신주의 가치에 상응하는 현물만이 출자되고 당사자의 의사 역시 신주의 시가초과액은 채무면제를 하려는 의도가 있으므로 채권가액 중 신주의 시가 초과액 부분은 손익거래의 성격을 갖는다고 볼 수 있다. 따라서 현물출자방식의 출자전환은 자본거래와 손익거래를 동반하는 혼합거래에 해당한다고 봄이 경제적 실질 등에 부합한다고 보인다.
이런 논리의 연장선상에서 채무자에 대한 채무면제익 과세 역시 출자전환의 방식을 주금납입 상계방식과 현물출자 방식으로 구분하여 논의할 필요가 있다. 현물출자 방식의 경우 손익거래를 동반하기 때문에 채무면제익이 발생할 소지가 있으나, 주금납입 상계방식은 자본거래가 있을 뿐 손익거래는 존재하지 않기 때문에 채무면제익이 있다고 보기 어렵다. 따라서 현물출자 방식의 출자전환의 경우 채권가액과 신주 시가평가액 차액 상당에 대해 손익거래로 보아 법인세 과세가 가능하나, 주금납입 상계방식의 출자전환의 경우 채권가액과 신주의 액면가액의 차이만큼 주식발행액면초과액이 발생하더라도 이는 자본거래이기 때문에 법인세가 과세되지 않도록 하여야 한다. 다만, 현물출자 방식의 출자전환도 적극 활용하여 기업구조조정을 원활히 진행시킬 필요가 있으므로 입법적으로 현물출자 방식의 출자전환시에도 채무자에게 채권가액과 신주의 시가 차액 부분에 대해 익금 산입이 되지 아니하도록 관련규정을 개정하여 채무자에게 법인세가 별도로 과세되지 아니하도록 입법화할 실익이 인정된다고 보인다.
현물출자 방식의 출자전환에서 법인세 과세가 유지될 경우 법인세 과세로 채무자가 기업구조조정에 장애를 받지 않도록 출자전환으로 발생하는 채무면제익의 과세이연 기간을 10년으로 늘려야 한다. 채무자회생법 제195조에 따라 회생계획상 채무변제 기한은 10년이므로 채무면제익 부분에 대한 조세채무 변제기한도 10년으로 과세이연할 수 있게 하여, 일반채권과 채무면제익 부분에 대한 조세채권 변제 간 형평성을 도모하고 채무자회사는 10년의 변제기한에 맞춰 장기적으로 경영상 계획을 세워 효과적인 회생진행이 가능하도록 할 필요가 있다.
채권자에 대한 과세 중 대손금 인정과 관련하여, 현물출자 방식의 출자전환은 손익거래의 성격이 있으므로, 채무자가 채권가액과 신주의 시가평가액 차액인 채무면제익만큼 이득을 보는 것에 비례하여, 채권자 역시 채권가액과 신주의 시가평가액 차액만큼 손실을 본다고 봄이 타당하다. 따라서 현물출자 방식의 출자전환시 채권자에게는 채권가액과 신주의 시가평가액 차액이 대손금에 해당된다고 보는 것이 조세법의 통일적 해석과 실질과세 원칙에 비추어 합리적이라고 보인다. 반면, 주금납입 상계방식의 출자전환은 당사자의 의사에 따라 채권과 신주가 등가로 교환되고, 기본적으로 자본거래의 성격을 가지고 있어 채무액 전액이 주식납입대금으로 전환된다고 보아야 하므로 채무자에게 이득이 발생하지 않는 것처럼 채권자에게도 손실이 발생하지 않는 것으로 봄이 타당하다. 다만 주금납입 상계방식의 출자전환에서도 기업구조조정 활성화를 위해 채권자에게 손금 인정 혜택을 제공할 필요가 있다. 현재, 조세특례제한법 제44조 제4항에 따라 출자전환시 금융채권자만 채권가액과 신주 시가 차액에 대해 손금 산입이 되도록 하고 있는데 조세 형평과 기업구조조정 지원을 위해 일반채권자도 손금 산입 혜택을 받도록 그 규정을 확대 적용하여 주금납입 상계방식의 출자전환에서 채권자에 대한 세제상 지원을 제공할 필요가 있다.
채권자에 대한 부가가치세법상 대손세액공제와 관련하여, 현물출자방식의 출자전환으로 신주를 배정받더라도 회생이나 워크아웃 과정상 매출채권을 완전히 회수하지 못한 채권자에게 부가가치세까지 부담하게 함은 가혹하므로, 출자전환 채권가액과 신주 시가 차액에 해당하는 금액은 회수하지 못하는 채권으로 대손세액 공제 대상이 된다고 볼 필요가 있다. 주금납입 상계방식의 출자전환을 선택한 경우 현행법 해석상으로는 출자전환 채권가액과 신주 시가의 차액 부분에 대해 대손세액 공제의 대상으로 인정하기 어려운 문제가 있다. 주금납입 상계방식의 출자전환을 적극 활용하여 기업구조조정을 원활히 진행시킬 필요가 있고, 실질적으로 채권자에게 경제적 손실이 발생하고 부가가치세 부담이 과중하다는 문제가 여전히 남게 되므로 입법적으로 출자전환시 채권자에게 채권가액과 신주의 시가평가 차액을 대손세액 공제가 가능하도록 개정하여, 주금납입 상계방식의 출자전환에서도 채권자에게 대손세액 공제를 인정하도록 입법화할 실익이 인정된다.
보증채무자에 대한 과세와 관련하여, 보증채무자의 구상채권에 대해 원칙적으로 손금불산입하도록 하고 있는데 이는 보증채무의 부종성과 결합하여 보증채무자에 대한 과도한 재산상 침해가 되고 있다. 워크아웃과정에서의 출자전환과 달리 회생과정에서는 보증채무의 부종성의 예외가 적용되어 출자전환시 보증채무자에게 채권가액과 신주 시가 평가액의 차액만큼 변제의무가 별도로 부과되고 있다. 회생절차에서의 출자전환과 워크아웃 절차에서의 출자전환을 달리 볼 합리적 차별사유가 없고 보증채무자의 연쇄도산을 방지할 필요가 있으므로, 회생과정에서의 출자전환에도 보증채무의 부종성을 인정할 필요가 있다. 보증채무자의 구상채권에 대한 손금불산입 규정은 조세 공평성, 헌법상 평등원칙에 부합하지 않고 보증채무자의 재산권을 과도하게 침해하므로, 회생과정에서 출자전환으로 주채무자의 채무면제익을 변제한 보증채무자의 구상채권에 대해 손금산입을 인정하되, 그 남용 가능성을 줄이기 위하여 특수관계인에 대한 업무무관 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권은 손금불산입하는 것이 타당하다.
출자전환시 채권자가 과점주주가 된 경우를 고찰하면, 기업구조조정 과정에서 실질적 주주권 행사 권한은 법원과 금융채권자협의회에 통제받고 있으므로 회생이나 워크아웃 과정에서 출자전환으로 과점주주가 된 채권자의 경우 실질적으로 주주권을 행사하기 어려워 간주취득세나 제2차납세의무를 부담시킴은 타당하지 않다고 보인다. 또한 조세공평성, 헌법상 재산권 침해 소지, 그리고 평등원칙 등을 고려할 때도 출자전환으로 과점주주가 된 채권자에게 간주취득세나 제2차납세의무를 부담시키는 것은 위헌소지가 있다고 보이므로 출자전환으로 과점주주가 된 채권자에게 간주취득세나 제2차납세의무를 면제해 주도록 명시적으로 규정할 필요가 있다.
출자전환시 가업승계 주주에 대한 과세에 대해 살펴보면, 가업승계 공제와 관련하여 출자전환으로 가업승계 주주의 지분이 변화한 경우 이를 사후관리 위반으로 보아 주주에게 지분변화분에 대해 상속세 및 증여세를 추징하고 있다. 그러나 합병·분할 등 조직변경의 경우와 마찬가지로 출자전환과 같은 재무적 변경도 조직변경의 일환으로 해석할 수 있고 시설투자?사업규모의 확장 등에 따른 유상증자 방식에 출자전환으로 인한 유상증자도 포함된다고 볼 수 있으므로, 출자전환 역시 추징예외 사유에 해당한다고 해석하는 것이 가업승계 활성화와 기업구조조정 지원을 위해 타당하다고 보인다. 이를 명확히 하기 위해 회생이나 워크아웃과정에서 출자전환으로 가업승계자의 지분이 감소하더라도 최대주주 지위를 유지한 경우에는 사후관리 위반으로 보지 않도록 입법화할 필요가 있다.