주식의 포괄적 교환?이전제도는 기업구조조정을 지원하여 기업과 경제에 선순환 역할을 하여 미래의 성장동력을 확충하고 대외경쟁력을 향상시켜 국가발전을 견인하는 중요한 제도로 인식되고 있다. 하지만, 법률규정의 모호성과 난해함으로 이를 방해하는 요소가 많으므로 이를 제거하여 납세비용을 축소하고 예측가능성을 높일 필요가 있다고 할 것이다.
본 연구에서는 「조세특례제한법」에 규정된 주식의 포괄적 교환?이전제도의 직접적인 조세문제의 이해당사자(완전모회사가 될 법인과 완전자회사가 될 법인의 주주)에 국한하여 문제점을 연구하지 않고, 간접적인 조세문제의 이해당사자(완전모회사가 될 법인의 기존주주와 완전자회사가 될 법인)까지 그 범위를 확장하여 종합적인 각도에서 살펴보았다. 이처럼 현행 주식의 포괄적 교환?이전제도가 가지고 있는 문제점을 없애거나 줄이기 위하여 다음과 같은 사항을 제안하였다.

첫째, 주식의 포괄적 교환?이전제도의 직접적인 이해당사자인 완전자회사가 될 법인의 주주가 완전모회사가 될 법인으로부터 교환받는 신주의 취득가액 산정에 있어 균등증자의 조건을 충족하는 주식의 포괄적 교환의 경우에는 신주인수권이 배제된 경우와 신주인수권이 부여된 경우로 분리하여 접근하여야 하고, 신주인수권이 부여된 경우를 신주인수권이 배제된 경우와 동일하게 취급할 경우에는 불합리한 경우가 발생함을 지적하였다. 이에 대한 개선방안으로 신주인수권이 부여된 주식의 포괄적 교환의 경우에 그 취득가액을 현물출자한 주식의 시가로 함이 타당하다는 의견을 제시하였다.
둘째, 주식의 포괄적 교환?이전시 부당행위계산부인에 따른 이익분여액에 대한 소득처분 유형이 대법원과 조세심판원이 서로 상이하여 과세행정에 어려움이 있음을 지적하면서 이에 대한 개선방안으로 주식의 포괄적 교환?이전에 따른 이익분여액에 대하여 기타사외유출로 소득처분하도록 명확히 규정할 것을 제시하였다.
셋째, 주식의 포괄적 교환?이전의 직접적인 이해당사자인 완전모회사가 될 법인이 과세이연 요건을 갖추어 주식을 포괄적으로 교환?이전할 때 그 처리방식이 복잡하고 어렵다는 점을 지적하면서, 그 효과는 동일하면서 쉽고 간단한 방식인 장부가액법으로 전환하여야 하고(일본이나 미국처럼 직접법 채택), 이에 따라 자산조정계정을 삭제하여야 한다고 주장하였다.
넷째, 현행 「조세특례제한법」상 적격요건을 충족하는 주식의 포괄적 교환 ·이전의 경우 압축기장충당금을 설정하는 방식과 자산조정계정(완전자회사가 될 법인이 발행한 주식의 시가에서 장부가액을 차감한 금액)이라는 장치를 통해 교환?이전 시점에 발생한 과세소득을 이연시킬 수 있지만 비적격 주식의 포괄적 교환?이전의 경우는 그 교환?이전 시점에 조세부담이 발생하게 된다. 하지만, 적격 주식의 포괄적 교환?이전시 장부가액 승계에 따른 이중과세 문제가 발생하여 적격 주식의 포괄적 교환?이전이 비적격 주식의 포괄적 교환?이전에 비해 세부담 역전현상이 발생함을 지적하면서 이를 해소하기 위해 취득하는 주식을 장부가액이 아닌 시가로 계상하여야 한다고 주장하였다.
다섯째, 주식의 포괄적 교환?이전의 간접적인 이해당사자인 완전자회사가 될 법인의 경우에는 우회상장을 통한 조세회피 가능성 및 비상장주식일 경우 시가평가의 어려움을 지적하면서, 그 개선방안으로 중소기업이 상장법인과 주식의 포괄적 교환?이전을 하면서 외부평가기관의 의뢰서를 첨부하여 비상장주식평가위원회의 심의를 거친다면, 중소기업에 대한 지원책의 연장선에서 예외적으로 시가로 인정할 수 있는 제도를 도입하자고 제안하였다.
여섯째, 현행 「조세특례제한법」에 규정된 주식의 포괄적 교환?이전제도는 일본의 기업구조조정세제 및 미국의 기업구조조정세제와 달리 주식인수를 자산인수로 간주하는 제도가 마련되어 있지 아니한데, 비적격 주식의 포괄적 교환시 합병과의 균형을 위해 일본의 제도를 벤치마킹하여 주식인수를 자산인수로 의제하는 제도를 도입하여 완전자회사가 될 법인이 소유하고 있는 자산을 시가로 평가할 수 있도록 제안하였다.
마지막으로, 주식의 포괄적 교환?이전의 다른 간접적인 이해당사자인 완전모회사가 될 법인의 주주들은 특수한 경우에 기존주주에 대한 간주취득세 과세로 인해 구조조정의 저해 요소로 작용할 수 있는데, 이러한 경우는 기존주주가 완전자회사가 될 법인의 주식을 소유하고 있던 경우에 주식의 포괄적 교환?이전이 이루어지면서 완전모회사의 주식을 교부받게 되어 기존주주의 지분율이 증가하여 과점주주가 아닌 상태에서 새로이 과점주주가 되는 경우에 발생하는바, 이에 대한 개선방안으로 완전자회사의 주식을 매각하면서 완전모회사가 될 법인의 주식을 취득하는 경우 간주취득세를 면제하도록 관련규정을 개정하자고 제안하였다.

Total equity swap & transfer is recognized as a crucial instrument to drive national development as it facilitates corporate restructuring, in turn, creating a virtuous cycle in companies and the economy, securing future growth engine, and improving external competitiveness. However, ambiguity and difficulties in relevant regulations hinder the intended purposes, which should be removed to reduce taxpayer’s cost and to make the amount of tax payable more predictable.
This study is not limited to interested parties directly related to tax issues arising from total equity swap & transfer as defined in the Restriction of Special Taxation Act (a corporation which is to be a parent company controlling the entirety of stake in a subsidiary, and shareholders of the subsidiary), but covers interested parties indirectly related to tax issues (existing shareholders of a corporation which is to be a parent company controlling the entirety of stake in a subsidiary, and a corporation which is to be the subsidiary), from different angles. And then this study presents recommendations to alleviate or remove problems in the current total equity swap & transfer system as follows:

First, in case where share’s market price and face value are the same, two-pronged approach is necessary in calculating the purchase price of shares that the shareholders of the soon-to-be subsidiary (directly related interested party) receive from the soon-to-be parent company: first case, preemptive rights are excluded, and second case, preemptive rights are granted. Treating the two cases equally is unreasonable. As an alternative measure, It is suggested that the market price of stocks issued for payment-in-kind is treated as the purchase price of equity when preemptive rights are granted.
Second, inconveniences are pinpointed in tax affairs because the Supreme Court and the Tax Tribunal have differing dispositions of income incurred from income distribution in case where the total equity swap & transfer constitutes the rejection of unfair act and calculation. To remedy this, I recommended clearly stipulating that income distribution from total equity swap & transfer is considered as outflow of income.
Third, I indicated that the procedures are complicated and difficult for a parent company (directly related party) when it prepares qualification for tax deferral and then executes the total equity swap & transfer. I recommended implementing book value method to current procedures like the US and Japan, which are easier and simpler, yet as strong as in effectiveness, and accordingly, to remove asset adjustment account.
Forth, in case where the total equity swap & transfer meets the current Restriction of Special Taxation Act, deferral of taxable income incurred before the swap or transfer is allowed. This is enabled by setting aside provision for accelerated depreciation and by using asset adjustment account (the amount of the market price of shares that have been issued by the corporation to become a subsidiary after excluding the shares’ book value. Unqualified equity’s total swap & transfer generates tax liability right at the moment of the swap & transfer. However, I also mentioned that double taxation occurs to qualified equities’ swap or transfer due to inheritance of their book value, resulting in reverse of tax burden. I argued to calculate the value of acquired shares based on the market price, not based on book value to resolve this issue.
Fifth, unlisted shares or tax avoidance resulted from book-door listing makes it difficult for the soon-to-be subsidiary (indirectly interested party) to estimate shares’ market value. To solve this, I recommended allowing an exception that recognizes shares’ market price when SMEs which wish to execute total equity swap & transfer with listed corporation submit a request written by an independent evaluation organization and go through review of the Unlisted Stock Evaluation Committee; it would be extended support for SMEs.
Sixth, the Restriction of Special Taxation Act does not regard equity acquisition as asset acquisition, contrary to the US’ and Japan’s taxation system for corporate restructuring. I recommended benchmarking Japanese system that regards equity acquisition as asset acquisition, enabling evaluation of asset held by the soon-to-be subsidiary based on the market price. This is expected to strike a balance with merger in case of total swap of unqualified equities.
Finally, deemed acquisition tax payable by existing shareholders of the soon-to-be parent company hinders corporate restructuring. This happens in some special cases where the shareholders holding stake in the soon-to-be subsidiary receive shares of the newly-established parent company as a result of the total equity swap & transfer, and in return, the shareholders’ stake increases, resulting in new major shareholders. To fix this issue, I recommended revising relevant regulation so as to exempt deemed acquisition tax imposed on acquisition of share in a corporation which is to hold the entirety of its subsidiary, coupled with the sale of the shares of the subsidiary.