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논문 기본 정보
- 자료유형
- 학위논문
- 저자정보
- 발행연도
- 2013
- 저작권
- 동의대학교 논문은 저작권에 의해 보호받습니다.
이용수28
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DNA 염기서열 정보는 개인의 질병관련 정보를 파악할 수 있는 핵심적인 데이터이다. 최근 DNA 메틸화(DNA methylation) 측정을 통한 암 진단 기술이 개발되고 있으며, 메틸화 값 이상으로 인한 질병에 관한 연구도 활발히 진행되고 있다.
본 연구에서는 마이크로어레이 데이터와 시퀀싱 데이터의 DNA 메틸화 값을 이용하여 정상군과 질병군(비만, 암환자)의 차이를 Mann-Whitney 검정(Mann-Whitney test)을 이용하여 분석해보았다.
만 개가 넘는 유전자 사이트의 다중비교 문제를 보정하기 위해 FDR(False Discovery Rate) 기법을 이용하였고, P-value 값을 보정한 Q-value를 구해 정상군과 질병군간 차이가 있는 유전자 사이트를 발견하였다.
군집분석(Cluster Analysis)을 실시하여 유사한 특성을 가진 유전자 그룹을 찾아낼 수 있었다. 마지막으로 정상군, 질병군간 차이가 있는 유전자 사이트들을 이용해 사회네트워크분석(Social Network Analysis)을 실시하였다.
그 중 질병군에만 연결되어있는 유전자 사이트 노드를 찾아내었고, 중심성(Centrality)이 가장 높은 유전자 사이트 ‘Group1’과 Group1보다 중심성이 낮은 ‘Group2’의 차이를 Mann-Whitney 검정을 통해 알아보았다. 유의수준 .05에서 Group1과 Group2 간 유의한 차이가 있었고, 유전자 사이트 내에서 질병발현에 영향을 주는 중심성이 가장 높은 유전자 그룹을 찾아낼 수 있었다. 향 후 개인의 DNA 메틸화 데이터를 이용하여 실제 질병에 영향을 주는 유전자로 밝혀진 유전자 사이트와 비교 분석해보고자 한다.
본 연구에서는 마이크로어레이 데이터와 시퀀싱 데이터의 DNA 메틸화 값을 이용하여 정상군과 질병군(비만, 암환자)의 차이를 Mann-Whitney 검정(Mann-Whitney test)을 이용하여 분석해보았다.
만 개가 넘는 유전자 사이트의 다중비교 문제를 보정하기 위해 FDR(False Discovery Rate) 기법을 이용하였고, P-value 값을 보정한 Q-value를 구해 정상군과 질병군간 차이가 있는 유전자 사이트를 발견하였다.
군집분석(Cluster Analysis)을 실시하여 유사한 특성을 가진 유전자 그룹을 찾아낼 수 있었다. 마지막으로 정상군, 질병군간 차이가 있는 유전자 사이트들을 이용해 사회네트워크분석(Social Network Analysis)을 실시하였다.
그 중 질병군에만 연결되어있는 유전자 사이트 노드를 찾아내었고, 중심성(Centrality)이 가장 높은 유전자 사이트 ‘Group1’과 Group1보다 중심성이 낮은 ‘Group2’의 차이를 Mann-Whitney 검정을 통해 알아보았다. 유의수준 .05에서 Group1과 Group2 간 유의한 차이가 있었고, 유전자 사이트 내에서 질병발현에 영향을 주는 중심성이 가장 높은 유전자 그룹을 찾아낼 수 있었다. 향 후 개인의 DNA 메틸화 데이터를 이용하여 실제 질병에 영향을 주는 유전자로 밝혀진 유전자 사이트와 비교 분석해보고자 한다.
목차
Ⅰ. 서 론 11.1. 연구 배경 11.2. 연구 목적 2Ⅱ. 이론적 배경 32.1. 유전자 용어 정의 31) 마이크로어레이 데이터 32) 시퀀싱 데이터 53) DNA 메틸화(DNA methylation) 72.2. 후성 유전적 이상 81) DNA메틸화 이상과 질병 82) 암 세포에서의 DNA메틸화 이상 8Ⅲ. 연구방법 103.1. 연구대상 101) 마이크로어레이 데이터 설명 102) 시퀀싱 데이터 설명 123.2. 연구 절차 131) Mann-Whitney 검정(Mann-Whitney test) 13(1) 다중비교(multiple comparison)의 문제 142) 군집분석(Cluster Analysis) 163) 사회네트워크분석(Social Network Analysis) 17Ⅳ. 분석결과 194.1. 마이크로어레이 데이터 분석결과 191) Mann-Whitney 검정(Mann-Whitney test) 결과 192) 군집분석 결과(Cluster Analysis) 213) 사회네트워크분석(Social Network Analysis) 결과 234.2. 시퀀싱 데이터 분석결과 251) Mann-Whitney 검정(Mann-Whitney test) 결과 252) 군집분석 결과(Cluster Analysis) 273) 사회네트워크분석(Social Network Analysis) 결과 29Ⅴ. 결론 및 한계점 325.1. 결론 325.2. 한계점 및 향후 과제 33참고문헌 34Abstract 36
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